目前台灣有11座再生水示範案廠，由水利署媒合附近工業區的廠商，專管專線將再生水從與污水處理廠結合的再生水廠，運送到廠裡使用。這種模式，優點是可以客製化各家業者希望使用的水質，然而也有專家指出，這樣的發展模式，無法規模化，可能反而會限制再生水的發展。
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台灣的系統再生水運作模式，11座已上路、或即將上路的再生水廠，分別與受水廠商簽約，根據廠商希望提供的水質，再生水廠來進行規劃，提供客制化的再生水，也因此，每個案例所簽的合約都不同、費用也都不一樣。
對於這種現象，鳳山再生水廠王友利認為，這其實是再生水的優勢，因為各個廠商的需求不同，「你想要達到什麼樣的程度，我們這邊會利用製程技術方面來克服，達到你所需要的水質，相對來講企業本身，又不需要再添加那些設備跟操作那些人員的人事費用，也可以減輕很多成本」。
「我覺得自來水怎麼做，再生水就怎麼做。」中原大學環境工程學系副教授江謝令涵則認為，初期的示範案廠採取因案制宜的做法，無可厚非，但是他認為未來的再生水發展，應該要「規模化」、「管網化」，「也就是說未來的科學園區或工業區，可能會有兩套配水管網系統，一套是自來水系統，另外一套就是再生水的系統」。
江謝令涵解釋，若未來的工業區或科學園區，能夠有兩套的供水管網系統，一套是自來水、一套是再生水，標準化作法才能讓再生水供給更順暢，「這樣才能夠真的做出一個再生水的產業，真的把規模做大」。
對此，水利署副署長王藝峰指出，目前台灣再生水還無法做規模化的原因，主要是因為若要統一供再生水給工業區的廠商，必須要在工業區附近，同時有污水處理廠以及再生水廠，否則在既有的工業區中要再拉如此多的管線，很難做到。
王藝峰舉八里污水廠為例，附近最近的工業區是桃園海邊，然而這麼長的距離要拉管線，還要有腹地可以埋管，挑戰很大。因此儘管他認同應該要規模化，但是這目前仍是「理想模式」而已。
「但是慢慢會組合，到最後我覺得未來的模式會這樣子，因為工業區會消滅，會有新的工業區出來。」王藝峰說。一旦有新的工業區，便可以從頭開始，將再生水的供應一併規劃進去。
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「我心目中再生水理想的未來是所有的污水處理系統，基本上都能夠產製再生水，我們產出的再生水經由一個再生水的管網，分配到包括工業區或科學園區優先，當然如果還有多的水，我們甚至也可以考慮灌溉使用。」江謝令涵說。
江謝令涵指出，台灣人每個人每天產生的污水量大概是140到150公升，若經過再生水的產製，每個人每天可以產生40、50公升的再生水，「如果能夠達到這樣的水量，然後有一個標準的系統，有一個配水管網，可以讓工業盡可能的優先使用再生水，我覺得未來台灣，不只是解決水資源的問題，同時也可以解決很多包括我們環境生態系統的問題」。