調查局新竹市調站調查官余正煌31日傳出轉內勤，被外界認為是民進黨政府在「秋後算賬」。法務部長蔡清祥今（1）日表示，內外勤都需要輪調，過去都是這樣實施，尊重調查局的決定。
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蔡清祥解釋，調查官的工作本來就有輪調制度，不論內外勤都需要輪調，這次調為內勤，應該是基於過去的慣例，也是工作上的歷練，他尊重調查局的決定。
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媒體追問蔡清祥，余正煌的律師透露，調查局主管曾向余正煌施壓，稱他的在論文抄襲案中的言論會害代表民進黨參選桃園市長的林智堅（前新竹市長）不當選。
對此，蔡清祥說他不了解這狀況，不過蔡強調，調查局也認定論文事件是余正煌的私人事情，與公務無關，所以調查局都沒有介入。