台灣環境高濕、多雨，讓影響一期稻作收成與稻穀品質的稻熱病常常難以控制，農試所發現，帶病秧苗是造成稻熱病發生的主要原因，而稻熱病的發生有徵兆，預防重於治療，呼籲農民防病時機應提早至秧苗期。
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稻熱病是影響台灣一期稻作收成與稻穀品質最重要的真菌性病害，在高濕、多雨環境下，常造成難以控制的嚴重疫情，以往普遍認為，稻熱病是由空氣中的病原孢子傳染引起，不過農委會農業試驗所近年田間調查發現，帶病秧苗才是造成稻熱病發生的主要原因。
稻作農忙季節即將來臨，插秧後病蟲害管理的成敗，通常決定該期作收益的好壞，其中重點在於源頭管理。農試所指出，多數農友表示，留置田邊的剩餘秧片經常在補秧階段，就無故出現乾枯死亡現象，多半就是由稻熱病感染所引起。
農試所解釋，稻熱病感染稻穗後，病菌會存活在稻殼護穎及米粒種皮。雖然水稻播種前，稻種都會浸泡消毒藥劑進行殺菌處理，但為減輕苗盤重量而添加在育苗土中的粉碎稻殼，其中躲藏在粉碎稻殼上的病菌反倒成為秧苗稻熱病的感染源。
農試所進一步說明，一般而言，屆臨出秧的3週大帶病秧片，如果沒有撥動翻找，很難從外觀看出秧苗下位葉已經染病，剩餘秧片植株叢生，提供病菌溫暖潮濕的良好發展環境，因此在插秧後2至3週內，就能觀察到苗株出現不明斑點、甚至乾枯死亡現象。
農試所補充，隨後田間植株再經過2至3週、進入分櫱盛期後，也會因為植欉茂密、環境濕度升高而開始陸續發病，而這個時間點，也就是長久以來大眾普遍認為的稻熱病好發時間點，但此時投藥通常已錯失最佳防治時機。
農試所指出，台灣水稻採機械化插秧種植，透過空拍圖發現田間稻熱病發生分布，與水稻插秧軌跡具有高度一致性，證實帶病秧苗是國內稻熱病的主要傳播感染來源，減少秧苗帶病機率，同時考量目前育苗場普遍面臨的缺工困境，已開發出省工簡便、便宜有效的苗盤殺菌處理技術。
農試所分享，育苗場僅需在播種過程苗盤澆灌的兩道用水中，同時添加下列任一種稻熱病防治藥劑，並確保水量足以潤濕上層覆土，即可有效降低秧苗帶病率。稻熱病防治藥劑推薦包含50%免賴得可濕性粉劑稀釋1500倍、75%三賽唑可濕性粉劑稀釋3000倍、40%甲基多保淨水懸劑稀釋1000倍、45%喜樂克拉乳劑1200倍乳劑、50%護粒松乳劑1000倍等。
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「秧苗期稻熱病防治得當，即可降低葉稻熱病的發生」，農試所建議，農友端可留置部分秧片作為秧苗健康觀察使用，一旦發現秧片無故出現不明斑點或乾枯死亡現象，立即進行全面田區施藥預防，以免錯失最佳防治時機。
農試所呼籲，由於病害造成的損害無法挽救且攸關收益，因此無論葉稻熱病發生與否，均建議在抽穗前5至7天全面進行預防性施藥，以減少田間病原帶來的不可預期危害與損失。如果葉稻熱病發生嚴重，則建議齊穗時再施藥一次，以確保收益。