前新竹市長林智堅碩士論文抄襲風波仍未平息，林智堅的台大國發所指導教授、國安局長陳明通日前出席立院朝野協商時強調，「林智堅的案子，很確定是一個冤案」，調查官余正煌自訴林智堅涉侵害著作權，更指控民進黨聯合公司一同對付他。對此，台灣民眾黨立委賴香伶今（13）日質疑陳明通隔空指揮辦案，應自請離職申請調查。
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民眾黨團總召邱臣遠指出，林智堅論文案破壞學術倫理在國內掀起巨大風波，甚至讓在職專班汙名化，陳明通身為指導教授應負起責任，而教育部也該如此，並盡快盤點當前機制是否出問題，若繼續硬拗下去，最緊張的應該是民進黨的民意代表。
他表示，此案已進入訴訟程序，尊重司法審判，但是陳明通在審查總預算時表示此案是「冤案」，他認為期期以為不可，予以譴責，雖然相關人事任命權利是總統職權，但此事件掀起政治、社會巨大的風波，但陳明通官位在蔡英文任內仍舊穩如泰山，有愧於蔡英文所謂積極回應民意的原則，常常是心口不一，說一套做一套。
近日有報導指出，余正煌因論文案不聽長官「勸」，可能年度考績會被打乙等，還要被轉調內勤，連同事都為他打抱不平，更讓余正煌發文直指「黨，聯合公司（指任職單位調查局）要攻我嗎？沒關係，我不會更差了！要戰就來～」
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賴香伶也聲援余正煌，她表示，據傳民進黨要聯合公司一同對付余正煌，「真的覺得這個國家沒有救了！」一個調查官因為論文事件深陷巨大壓力，單位沒有給予協助和法律支持，還要讓當事人背負可能考績打乙，這是荒腔走板的職場關係，也是對待受害者的不正確做法。
賴香伶說，陳明通在國會殿堂喊冤可能也有隔空指揮辦案之嫌，對方認為現在的訴訟標的應從抄襲案變成是否涉著作權，這種高明指點、隔空辦案的做法，「陳明通局長應該自請辭職申請調查。」