台北市議員王鴻薇昨日爆料，國安局長陳明通在指導前新竹市長林智堅台大國發所論文前後，總共收受企業400萬元研究費捐款。陳明通今（24）日表示，他在台大任職募款不只400萬，企業捐款跟林智堅沒關係。
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王鴻薇爆料指出，2016年3月23日，新竹物流前營運長陳榮泉以新竹物流公司名義，匿名捐給陳明通在台大研究案200萬元，這筆錢捐得很急，當時這個研究案連會計項目都沒有就直接撥款；9個月後，陳榮泉再次匿名捐200萬元給陳明通，她質疑捐款給陳明通400萬元，到底所為何事？
立院外交及國防委員會今日邀請國家安全局局長陳明通、外交部部長吳釗燮、大陸委員會副主委邱垂正報告「G20峰會後國際關係變化對我國安影響」，並備質詢。
國民黨立委馬文君詢問收受企業捐贈研究費一事，陳明通一開始表示「陳局長實在不應該回答陳教授問題」。但在馬文君追問下，陳明通強調「你今天這麼逼我」違反《憲法》，因為教授不能到立院備詢。
馬文君說「可是是同一個人」，陳明通回應指出，台大23日已公開說明沒有任何不法，任何募款進入台大報帳系統，每一分錢該不該用能不能用都要學校同意，且層層核章。「我本人雖然主持研究，但沒拿一毛錢。裡面很多錢是用來支付中國大陸研究中心職員薪水，跟媒體跟外面所說的一點關係都沒有」、「不要為了選舉羅織、抹黑到這種程度。」
陳明通進一步解釋，2015年他接台大中國大陸研究中心主任，該中心是台大前校長李嗣涔任內成立的，給了3,000萬開辦費、一年1,000萬，後來沒錢，「我做為中心主任，當然要去募款。我募的不是只有400萬，還有好幾百萬、還有好多企業，那些錢現在都在大陸研究中心」。
陳明通更強調，「我準備非常充分證據，經法院公證去證明林智堅沒有抄襲」，他指出，大家有一天看到這些證據後，「可以一起檢驗」。
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隨後委員會內國民黨籍立委聯署臨時提案，指陳明通沒在第一時間交代清楚400萬疑雲，讓國人質疑其操守是否經得起社會檢驗。8月對岸大規模軍演期間未見陳明通積極處置兩岸危機，卻全力幫林志堅論文抄襲醜聞多次發文護航。提案要求陳明通立即針對收受陳榮泉捐款400萬一事主動向國人公開說明。
陳明通再度回應，當時最主要是在台大中國大陸研究中心當主任時，為了維持營運去募這個錢，「跟林志堅一點關係都沒有，我也不是透過林志堅去認識（陳榮泉）這個人」，而且在中國大陸研究中心募的款，不只這些，還有很多企業也願意捐助，因為他們覺得大陸研究中心成立對推動兩岸談判團隊非常有意義，所以願意捐款，裡面任何一毛錢都是在學校要求能夠動支項目才能動支，比如做民調、公開招標，所有程序都是合法。