兩岸關係緊張，位於台灣與中國中間的澎湖群島地位也日趨重要，國防醫學院三軍總醫院澎湖分院平時不但必須肩負在地急重症的專責照護；戰時因應大量傷患救治，更扮演戰區聯合醫療中心的角色。
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三總澎湖分院平時負責防區疫苗接種、官兵年度體檢、軍校生入營檢查、衛教宣導及預防醫學教育、心理衛生服務、救護技術員訓練、營區水質檢驗，發揮醫療衛勤能量。戰時擔任第一作戰區聯合醫療，負責大量傷患救護，以確保防區戰力完整性。
三總澎湖分院院長施宇隆表示，對於大量傷患演練，都是澎湖分院每年演習的重要目標。不但會進行桌上演練，也會實際演練。不管是陸上或海上的傷患，都隨時有足夠的人力支援。醫院前停機坪就是為空中緊急後送病患，讓直升機能夠直接降落，再後送到台灣本島。
澎湖四周環海，漁業與潛水是澎湖重要產業，三總澎湖分院也具備治療潛水伕症的大型高壓氧設備，是全國軍醫院中第三個具備大型高壓氧設備，如果是在做減壓症治療的情況下，將會在上升到60呎的時候開始戴上氧氣面罩，利用氧氣把身體內部的惰性氣體排泄出去，改善潛水伕病的症狀發生。院方表示，預計今年底汰舊換新，引進預算2000餘萬元之「多人高壓氧艙」，以造福更多澎湖軍民。高壓氧設備除了應對離島較少見的一氧化碳中毒之外，更對於操練備戰的水下作業大隊或潛艦官兵具有救命重要療效。
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三軍澎湖分院成為離島指標性醫院，院方表示，今年4月完成離島首例開心手術，更持續積極落實醫療在地化，近5年已投入2億多元採購醫療器材，後送人數也從每年5000多例降到2000例，守護離島軍民健康。