台灣大學「新海研一號船」日前於台灣東部海域進行科研工作，卻遭到日本海保船騷擾驅離，我方則派出巡防艦「花蓮號」在旁戒護，雙方互相廣播對峙超過10小時。對此，海委會主委周美伍今（5）日在立法院答詢時表示，第一時間駐日代表處已表達嚴正抗議，海巡署也會在合作會議上，向日方再行嚴正表態。
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針對我國科研船遭日艦騷擾，立法院內政委員會今邀海委會列席報告業務概況並備質詢，國民黨立委鄭麗文質詢表示，台大科研船遭到日艦騷擾，海委會是否已做後續處置？周美伍答詢回應，會透過研究船戒護勤務SOP處理。他強調，此事從頭到尾都在海巡署掌握之下，海巡署派遣船艦都在一旁戒護，並非突遭日方干擾。
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鄭麗文指出，日方侵門踏戶，不能將之視為個案，雖海巡署已出動，但未來有無針對此事跟日方交涉？周美伍說，雙方有一個合作平台，包括外交部與其他相關單位，都會在該平台上，將最新狀況做資訊交流，會透過相關合作會議，向日方進行嚴正表態。
不過，鄭麗文持續追問，是否海巡署已向日方表態？周美伍先是說，「要在會議來臨時」。鄭麗文不滿痛批，不是現在就要跟外交部講，並向日本抗議？周美伍才回答，這些事情都已做完畢，第一時間駐日代表處也表達嚴正抗議。