衛福部8日突宣布，清冠一號公費使用對象將自15日起限縮，引發反彈，衛福部次長、中央流行疫情指揮中心指揮官王必勝隔日緊急開會，放寬適用範圍，外傳是陳漏夜要求王更改政策，國民黨也抨擊陳時中是地下部長。對此，薛瑞元今（12）日出席「藥品實施GMP40週年暨PIC/S入會10週年論壇」，接受媒體採訪時反擊直言「這件事情應該是外界在編故事、直接想像的！」
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衛福部8日突發函公告，新冠肺炎特效藥物清冠一號公費使用對象將自15日起限縮，中醫師公會全聯會理事長柯富揚接受《NOWnews今日新聞》採訪時連喊傻眼，怒批「他這個是故意的！利用中秋連假3天突襲式公告。」無奈嘆確診民眾要自求多福，讓王必勝隔日緊急開會，放寬適用範圍滅火，對此國民黨抨擊陳時中是地下部長。
薛瑞元說明，整個過程事實上是在第一版公布出去時，中醫藥界，尤其是中醫界有相當多的意見回饋，衛福部接受了他們的意見，就開會討論之後，決定還是採取中醫界的看法，把一些原先認為是症狀的，認定也可以作為適應症，再加上三個適應症進去，「這中間跟陳前部長一點關係都沒有」。被問及最近是否與陳討論疫情，薛瑞元也秒回「沒有」。
中華民國中醫師公會全國聯合會也呼籲，希望衛福部在維持公費給付條件下，在29日的協商會議，將未滿12歲的兒童及孕婦，均納入清冠1號的使用對象。
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薛瑞元則認為，這必須進一步討論，因為當時清冠一號試驗時並無納入小孩與孕婦，「所以你現在要開放，是否安全性資料足夠？這是科學問題，所以這還是由專家審查」。
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