高苑科大陸續爆出財務危機、境外生招生爭議、教職員陸續遭欠薪等，今年5月被教育部列為專案輔導學校，教育部日前要求董事會需於8月18日前依決議捐資1億元，用來支付教職員薪資，但教育部今（19）日證實董事會捐資再跳票，將依教師待遇條例規定對學校罰鍰，最高處以50萬且可連續開罰，並再向法院補充聲請理由，請法院加速審理解除全體董事職務。
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高苑科大2月底改組董事會，教育部讓新董事分期捐資，但3月屆期時，資金沒有到位，高苑科大因而被列為專案輔導學校。高苑科大董事會4月底表示，學校財務支出控管不佳，無法將捐款直接捐入學校帳戶，要求改設立專戶，分期完成1.5億元捐資，但到5月份仍未完成捐資，私校諮詢會便於7月做成決議，建議教育部向法院聲請解除全體董事職務。
高苑科技大學自救會今天表示，校內教職員被惡意欠薪達3個月之久，但董事會遲遲不願捐資，僅發信說有意興學，但卻不履約捐資，導致教師因欠薪，生計受影響，相關校務預算也被董事會刁難，讓學校無法正常運作。
自救會提出2項訴求，教育部行文法院諭請以最快速度解散董事會，勿再受到政治力干擾而妥協，不可再度同意董事會以任何理由延後或分期捐資；現任董事會經法院解散後所籌組之臨時董事會成員，應經過本校全體教職員投票超過半數同意，以防不當政治力介入運作人選，此外，臨時董事會成員之組成至少需有本校3位教職員代表與學生代表。
教育部表示，8月9日再度行文高苑科大董事會，要求在8月18日前完成捐資1億元，但截至昨天下午5點，該董事會仍未捐資。
教育部指出，高苑科大董事會先前承諾5月28日前捐資5000萬，7月31日前捐資5000萬、12月底前捐資5000萬，合計1億5000萬元，先前已獲同意，但董事會違反捐資承諾，造成校務無法正常運作，因此向法院申請解除全體董事職務。
教育部表示，因該法人仍未於8月18日前依承諾捐資1億元，將再向法院補充聲請理由，請法院加速審理；若法院同意解除全體董事職務，將先由臨時董事代行董事會職權外，後依法重組董事會。
至於高苑科大積欠教職員薪資一案，教育部除向法院聲請解除全體董事職務外，也依教師待遇條例規定對學校裁處罰鍰，如學校持續未改善，教育部將依前開條例規定，依次裁處罰鍰至改善為止。據教師待遇條例第23條，得處以10萬元以上50萬元以下罰鍰。
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教育部表示，目前並未收到董事會申請停招或停辦的公文，且有關全校停招、停辦屬學校重大決議事項，教育部已向法院聲請解除全體董事職務，縱使董事會陳報相關公文，教育部亦將不予同意該法人所作決定。
教育部說，該校為退場條例通過前所列專案輔導學校，後續將依退場條例將該校提審議會審議是否列為專案輔導學校。若學校仍持續列為專案輔導學校，將加派教職員生董事及公益監察人。