為防杜營利事業藉於低稅負國家或地區成立受控外國企業（CFC）保留盈餘不分配，規避我國稅負，行政院核定自2023年施行CFC制度，以接軌國際反避稅趨勢及維護租稅公平。因應金項新措施與先前境外公司經濟實質法的遵循，許多台商企業重新組織供應鏈，評估營運與成本的考量後，多數將接單功能移回台灣公司，藉此降低CFC實施後產生的衝擊。專家提醒，供應鏈重組是複雜且精細的財稅工程，企業需要重新審視與分析集團內各營運個體所具備的功能及承擔的風險，進而安全且合理的規畫以設算出合理的支付金額與計算方式，才能有效避免不必要的稅負增加及查核風險。
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勤業眾信聯合會計師事務所稅務部資深會計師林淑怡指出，台灣公司若因此與大陸子公司產生了關聯交易，即會變成兩岸稅務機關的查核重點，如大陸子公司利潤高於台灣母公司，則會被台灣稅務機關質疑是否有無償移轉或授權專利、商標與特許權等技術給中國大陸子公司使用，而被要求收取權利金或特許權使用費；反之，如中國大陸子公司利潤低於台灣母公司，則可能會被中國大陸稅務機關檢視是否有透過支付服務費、權利金和特許權使用費等虛設名目，將利潤移轉至中國大陸境外。
林淑怡進一步說明，在中國大陸企業支付「服務費」實務案例中最常遇到的問題，主要是中國大陸企業對於服務費用支付的依據和計算方法有爭議，根據國家稅務總局關於發佈〈特別納稅調查調整及相互協商程序管理辦法〉的公告（2017年6號公告）第34條規定，受益性勞務是指能夠為勞務接受方帶來直接或者間接經濟利益，且非關聯方在相同或者類似情形下，願意購買或者願意自行實施的勞務活動。
因此，支付公司對實際獲得且從中受益的服務可以據實支付，但不能不分服務目的、服務性質就向母公司支付服務費。例如境外母公司分攤給子公司的董事長辦公室、法務顧問、人力資源顧問等費用，是境外母公司在集團決策、監管、管理時產生的費用，應由境外母公司自行承擔而不可要求子公司按比例支付，所以對於總管理處所產生的分攤費用在中國大陸難以直接對應的情況下，多半不得予以支付，但以台灣的稅制角度，台灣總機構協助處理集團內的費用應當由集團內的各公司分攤，所以往往造成台灣公司與大陸企業的雙重課稅問題。
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而台商在中國大陸子公司在支付「權利金」實務案例中最常遇到的問題，是企業對於權利金支付不對等，如果引進的無形資產未產生應有的利潤與回報，獨立企業則不應該支付權利金，這些都是稅務機關重點關注的問題。另外亦須留意，中國大陸稅局認為被授權公司的技術已經非常成熟，未出現大的革新與變化，所以被授權公司始終按最初成立時的權利金收費標準進行支付將遭到重大的質疑。反觀台灣國稅局對於公司投資大陸提供的技術支援，是否能夠因為集團供應鏈的改變，可接受中國大陸公司自身擁有一定的研發能力而可不再收取技術權利金，值得繼續觀察。
林淑怡強調，供應鏈重組是複雜且精細的財稅工程，除了模擬並試算重組前後集團所增加的稅負，也需事前準備稅務機關未來查核時的合理解釋。例如將以往免稅天堂接單模式改為實體企業接單，或是以往多年來大陸子公司都沒有支付權利金與服務費給境外關聯企業，卻突然帳列大筆費用支出，這些現象都是稅務機關重點查核事項，故唯有事前進行供應鏈重組詳細規畫方能有效避免不必要的稅負增加及查核風險。