考招制度變革的初衷是為回應108課綱課程規劃、減輕學生負擔，但自從考招新制上路後，就有不少爭議，包括學習歷程檔案淪為「軍備競賽」；分科測驗取消國、英、數乙，恐有一試定終身疑慮；分科測驗改成級分制，與學測成績換算的問題等。全中教秘書長、萬芳高中教師許麗吉接受《NOWnews今日新聞》採訪時表示，從今年分科測驗報名人數僅2.9萬人，比去年指考減少近1萬人，就可看出學生對考招制度的不信任，將學測視為唯一一次機會，申請入學有學校就趕快去讀。
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學習歷程檔案淪軍備競賽？
學習歷程檔案是大學申請入學書面審查資料最重要的一部份，攸關升學競爭，包含基本資料、修課紀錄、課程學習成果、多元表現4大項目，教育部鼓勵學生定期紀錄並整理自己的學習表現，盼減輕學生在高三時整理備審資料的負擔，並在整理過程中釐清生涯定向。上路後爆出有大學與業者，公然在網站、網拍分享資訊並販售，宣稱可幫考生代寫大學就讀動機、學習計畫與生涯規畫等，補習業者也順勢開出各種「學習歷程檔案專班」。
國教盟家長部長王瀚陽表示，據國教盟調查顯示，民眾認為學習歷程的成效不及格，滿分5分，平均只給了2.47分，最讓人詬病的是增加學習壓力、準備時間不夠；有些學校選修課程不足，學習歷程檔案反而變成限制或累贅；以今年升大學為例，僅有43%學生用到「學習歷程檔案」，建議學習歷程應定位為生涯輔導工具，與升學脫勾，才能真正減輕學生壓力、避免軍備競賽。
3名來自中部的高三生今年提出「108課綱觀察報告」指出，新課綱下的高三生除了要花時間精力整理製作學習歷程自述等相關資料外，也要在每學期製作學習歷程檔案，無法減輕負擔；肯定學習歷程檔案設立的初衷，但當學習歷程檔案被列為升學評分標準之一時，因功利主義作祟，已成為「軍備競賽」；台北都會區的孩子有機會和頂尖大學接軌，製作出精美又有深度的學習歷程檔案，反觀偏鄉學子，沒有機會獲得最新資訊、校內活動比不上市中心學校、甚至連開課都有困難，多數學生認為城鄉或貧富差距確實造成學習歷程檔案實施的不公平。
分科測驗級分制爭議
對於學測及分科測驗成績用於分發管道的級分計算方式，招聯會原先研議以0.1%考生平均做計算，較能提高鑑別度及更具公平性，但為顧及各管道成績計算基礎一致性，與大眾擔憂學測與分科測驗轉換問題。
考量現行學測15級分計算方式，是以前1%考生平均分數除以15作為級距，新制「分發入學」將使用學測、分科測驗2種成績加總作為分發依據，因此招聯會決定以前1%學生平均分數作為級距計算基準，並以60級分計分。
許麗吉認為，考試分發是考生最後一次機會，過去指考採計原始分數，對於筆試占優勢的考生有利，某些科目表現好，可以贏別人很多，但改成級分制、變成相對成績，對很會考試的學生來說，反而弱化這種優勢，但能解決大考中心試題難易度不穩的問題，學生相對拉鋸不會太大；申請入學有二階段，除採計學測成績，還看書面、口試等，因此學測採級分制、弱化筆試，大家普遍接受，但考試分發也採級分制，對考生來說，是否公平、有利？
國教盟表示，分科測驗以前1%做為級距計算單位，對於原始分數高分群的考生鑑別度極為不足；且級分制穩定度不夠、讓考生無所適從，像今年學測數A太難，滿級分789人，不到全體考生的1%，頂標10級分也創下歷年數學科新低。
教育部說，級分制是為落實科科等值、避免考生分分計較的多元入學精神。
分科測驗取消國、英、數乙，恐有一試定終身疑慮？
111學年起指考更名為「分科測驗」，取消國文、英文、數乙，校系要採計須看學測成績，原本學測為15級分，校系要採計，須換算為60級分，換算方式以前1%的「學測各科到考考生」的平均原得總分，除以60，作為各該科的級距；111學年分發入學有1861系、約98.5%校系兼看學測與分科測驗成績。
高中生「108課綱觀察報告」提到，教育部希望藉此減輕學生的負擔，反而加重考生的壓力，因為分科測驗延用國英學測成績，國英2科失常的考生完全沒有補救的機會，只能選擇重考一途。
王瀚陽表示，考試分發是最後一個升大學管道，過去學生學測成績不理想，還能在7月指考再拚一次，但新制形同「一試定終身」，對社會組、文科優勢學生不利。
許麗吉指出，學測與分科測驗2種考試功能不同，且考生人數、總級分都不一樣，硬要一試兩用、拿來一起比，對學生不公平，不僅題目難易度會失焦，換算方式採全體考生也不合理，同樣都是考試分發入學，有些科目採分科測驗成績，跟1萬多人比，國、英相對級分卻又是跟學測的11萬人比，但學測考生明明很多人都申請入學上了，不會來參加考試分發，她質疑，一場比賽怎麼會基準不同、要跟幽靈參賽者比，實在太不公平、選材制度有問題。
全國教師會則認為，今年分科測驗的內容較學測有極大差距，以物理科為例，學測僅需考1冊，分科測驗需考5冊，且考題難度又顯著提高，學生難以在短短3至4個月，從學測狀態調整到分科測驗狀況，極具挑戰性，若再增加國文、英文2科，難保不會有「兩頭空」的情形發生。
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教育部指出，分科測驗範圍包括高三的加深加廣選修，但各校國文、英文選修課程範圍不同，分科測驗無法統一命題，因此不考。
另外，對於今年分科測驗報考人數大幅下跌，全國教師會分析，除了國、英、數乙不考之外，或許也和「108課綱下的高中生具更多自我意識」、「分科測驗與學測考題質量差距太大」、「考試時間由7月初延後近2周」有關，這些因素讓高中生寧可在前面的升學管道就定位，也不願再花時間準備考試，分科測驗的考生人數未來仍可能持續下探。