新竹市長林智堅深陷論文抄襲風暴，台大國發所碩士論文也遭資深媒體人黃揚明質疑抄襲余正煌的論文。對此，林智堅與余正煌的論文指導教授、國安局長陳明通今（5）日表示，是他先指導林智堅，而林智堅也提供資料給余正煌寫論文。
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黃揚明在臉書發文表示，發現林智堅與余正煌確實至少包括摘要、第一、二章當中，有8、9頁內容是大規模雷同，雖然林智堅的版本研究對象是「第三競爭者（槓桿者）」，亦即論文中的代號C，現實中的蔡仁堅，而余正煌論文研究對象是「林智堅」，但許多文句幾乎一模一樣，令人費解。加上兩人論文分析原始資料均是相同的民調資料，整體結構也幾乎相同，實在讓人看得有點傻眼。
黃揚明表示，余正煌論文第11頁、林智堅論文第9頁提及許明財的碩士學歷在選舉公報記載是「多明尼克肯大學」，可是他特地去找了那一年的選舉公報，公報上記載的是「美國多明尼肯大學」，不是「多明尼克肯大學」，由此處可見，林智堅在這部分確實是將余正煌論文的錯誤資訊一併抄錄。
針對質疑，陳明通發表聲明表示，他是林智堅的指導教授，必須幫林智堅澄清一下，是余正煌拿林智堅的資料寫論文，問卷的原始設計者是林智堅及其競選團隊，怎麼寫也是他先指導林智堅。
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陳明通表示，「後來余正煌因為一開始寫的碩論計畫不理想，想換題目，他找上的我研究助理楊喜慧，我徵得林智堅的同意，把林智堅的民調資料給余正煌用，並建議他換題目寫林智堅，同時把林智堅當時初步寫的東西（前面幾章，尤其是研究設計）給余正煌參考，同時以口試委員的身分給余正煌一些寫作建議。」
陳明通強調，只是余正煌先畢業，因為他只剩最後一個學期，林智堅比較晚畢業，讓外界誤解林智堅抄襲余正煌，其實過程是林智堅的論文比較有原創性，真是有理說不清。