6月11日台鐵鳴日號行經花蓮南平至萬榮間，因工程施工，騰空跳動險出軌，交通部啟動行政調查、邀集專家學者召開2次行政調查會議，初步結果及處理今（1）日出爐，經查鐵道局有5大缺失、總計6人遭懲處。
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交通部指出，本次事故就鐵道局工程施工面，調查初步發現5點缺失，包括鐵道局東工處未依施工計畫請台鐵局支援砸道車及人員配合施工，卻同意承包商進場施作；施工時亦未要求承包商及監造單位確保施工品質；鐵道局對於東工處監督管理未盡職責；工程相關人員專業不足、砸道不確實、軌道施工檢查方法不確實、施工安衛管理未落實；當日施工完成後鐵道局與台鐵局檢查機制尚須進一步檢討。
交通部表示，本事件工程管理未落實及施工品質不佳，涉鐵路行車安全及嚴重影響政府形象，據交通部初步行政調查缺失問題，鐵道局已進行相關人員懲處，將東工處處長、段長及主辦工程司記過處分，並已將負責該工程的工務段段長調離現職，其他相關人員亦依所涉權責一併處分，共懲處6人。
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為避免未來再發生類似案件，交通部已責請鐵道局就工程施工面儘速改善。鐵道局應確實督導工程處依施工計畫辦理，加強與台鐵局橫向聯繫協調，並請台鐵局人員及機具（砸道車輛）配合施工，以確保軌道工程品質；請鐵道局全面檢討如何落實施工品質及施工安衛管理；請鐵道局應確實辦理近期高風險工項之施工品質查證；請鐵道局會同台鐵局重新檢討砸道後檢查程序及恢復通車程序、訂定當日施工完成後，2局的檢查機制。
交通部將持續督導鐵道局及台鐵局確實改善，務求防止類似事件再度發生，以確保行車安全。