媒體報導，國安會打電話給高階將領交辦事項的情節，逾越總統蔡英文的統帥權。國防部今（28）日鄭重表示，媒體報導與事實不符。
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國防部表示，依我國國防體制，總統統率全國陸海空軍，為三軍統帥，行使統帥權指揮軍隊，直接責成國防部長，由部長命令參謀總長指揮執行。總統為決定國家安全有關之國防大政方針，或為因應國防重大緊急情勢，得召開國家安全會議。
國防部強調，國安會與國防部，皆為國安團隊的重要份子，「一個團隊、一個目標」，皆以提升國防戰力、強化國家安全為目標共同努力。報導所謂「插手統帥權」說法無端，並非事實，呼籲相關媒體進行報導前，應善盡查證之責，並謹守社會公器分寸，避免影響大眾視聽。