台鐵鳴日號6月11日上午行駛到花蓮南平到萬榮間時，列車突然上下晃動，初步判斷是鐵道局東工處於當日凌晨辦理「南平-萬榮雙軌化工程」時，疑似造成路基軟弱現象，當天台鐵局及鐵道局派員緊急搶修復原。交通部今（13）日表示，將啟動本工程肇因事件行政調查，並要求鐵道局及台鐵局確實改善，以維鐵路行車安全。
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交通部指出，鐵路法部分條文修正已於立法院會5月27日三讀通過，其中第4條條文已修正明文規定「有關鐵路之監督管理等相關業務，由交通部鐵道局辦理；鐵道局之工程，由主管機關辦理行政監理。」，爰鐵道局進行的工程，將由交通部辦理行政監理作業。
交通部針對本案疑似工程施工所發生的事件，將成立專案小組辦理鐵道局工程的行政監理作業，調查鐵道局及台鐵局相關人員是否依據相關法規及標準作業程序進行各項作業，務求防止類似事件再度發生，確保行車安全。