新冠肺炎疫情期間，北市府發言人陳智菡日前指出，總統蔡英文「暗崁」相關防疫資訊，引發社會各界議論。而今（6）日下午台北市長柯文哲進入議會進行施政總質詢時，也被問題該議題。民進黨議員江志銘就指出，陳智菡是抹黑總統蔡英文，並要求柯文哲將陳智菡調離發言人一職，對此柯文哲則並未正面回應，強調他認為陳要講什麼話一定有她的證據，至於是否要調離現職「會回去再討論」。
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江志銘在質詢時指出，陳智菡批評中央政府及總統蔡英文，在疫情期間密會民進黨執政的縣市首長，卻未邀集當時疫情最嚴重的雙北地區首長，且在會面期間有一份密件，呈現出的很多資料並沒有提供給雙北，「密件從來沒有提供給台北市政府，也沒有提供給北市府的防疫人員，這個確認過了。」
不過江志銘也質疑，不僅衛生局長在上週質詢過程中表明沒有「暗崁」的狀況，議員苗博雅也在臉書上公布北市府的公文，強調「相關重大防疫政策，皆透過防疫記者會公開說明並函文至各地方政府，以利防疫人員執行。」並無「暗崁」一說，質疑陳智菡的言論是否僅是認為總統的會面並未邀請雙北市長不妥。
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對此柯文哲則為陳智菡緩頰，強調她是市府的發言人，發言還是代表市府，要講什麼一定會有她的證據。「有時候總統也要說明，那場會議的本質是什麼？」柯文哲說，如果那天只是黨內在聊天或是聯誼會，那就算了，「那如果是討論疫情，那就很奇怪。」
江志銘則質疑，陳智菡身為北市府的發言人，是否已經逾越了發言人的角色？更加碼要求柯文哲是否應該針對其發言人的職務進行調整？對此柯文哲則表示，議員的意見都有聽到，回去以後會進行討論，「但還是這樣，民進黨發言人的發言，不需要蔡英文去幫他回應。」