我國鐵道史上最嚴重鐵道事故0402太魯閣事故調查於5月10日正式結案，除了台鐵，運安會也針對其他相關單位給予改善建議，然而提到台鐵監理單位交通部鐵道局，運安會鐵道專業小組召集人李綱批評：「鐵道局95%的預算都放在興建鐵道工程，若鐵道局不以監理為主，那該由誰來負責？」而鐵道局接受《NOWnews今日新聞》採訪時回擊，鐵道監理為四大業務主軸之一，他們一向十分重視，工程與監理業務無法以預算額度衡量業務量及重要性。
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0402太魯閣事故肇因複雜，是由許多單位的數項待改善問題累積導致，運安會於10日對外公布太魯閣事故專案調查小組結案報告，列出影響安全的直接因素、間接因素及根源因素等結論計47項，並對台鐵、交通部、鐵道局、內政部營建署、公共工程會提出16項改善建議。
在鐵道局部分，建議應參考國際鐵道安全規範或研究，修訂監理法規納入安全標準或建議措施，如異物入侵主動偵測系統、隧道防護措施要求等；檢視並強化行車人員訓練與技能檢定之查核機制，以確保鐵路營運機構確實執行。
不過李綱於報告中指出，「鐵道局95%的預算都放在興建鐵道工程，若鐵道局不以監理為主，那該由誰來負責？」對此，鐵道局則回擊，交通部鐵道局組織法法定業務職掌，即包括鐵道工程及營運監理，95%預算屬工程，因為工程預算成本本較高，工程與監理業務並無法以預算額度來評比其業務量及重要性。
鐵道局進一步指出，鐵道監理本局四大業務主軸之一，一向十分重視。但鐵道監理雖明訂於鐵道組織法卻未有法定職權，多少影響監理業務執行。依立法院交通委員會3月修法後，除確立本局法定監理權責外，對於外界質疑監理與辦理台鐵工程矛盾，可一併消弭，另本次修正重點在於要求鐵路機構建立安全管理系統，以及強化行車安全及健全監理制度所涉重要規定。
另外，鐵道局也在12日推動國家鐵道安全計畫，已設置推動小組，以持續監督各鐵路機構安全績效表現情況。
在執行面，鐵道局指出，去年已完成「臨軌在建工程」、「總體檢改善建議已解列管後續追蹤」及「歷次事故事件調查缺失改善事項」實地查核並建立台鐵駕駛檢定給證作業制度。已訂頒「鐵路營運監理手冊」及「鐵路定期檢查設備檢查手冊」，其中彙整定期檢查法令、程序及重點檢查項目，並制訂鐵路機構自我檢核表及檢查紀錄表單。後續並持續發展相關手冊，建立標準作業程序。
而為強化對鐵路機構監理，將採取加強現場檢查深度及頻率、強化年度定期檢查及臨時檢查作業、參與事故調查與改進事項追蹤等三項措施，行政院同意增設鐵路監理檢查員42人，預計分三梯次招聘。
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而對於招聘狀況不順，僅有2人到職，運安會指出薪資太低，但鐵道局則說明，檢查員報名主要來源為臺鐵、高鐵公司、捷運等機構或顧問公司、鐵路包商員工，前二梯次招募的確不理想，刻正檢討甄審策略並將擴大宣傳管道，如臉書、104及1111人力銀行等，期能招募更多檢查員加入監理檢查作業。
中央提出的資產、負債分配，工會並不滿意，但不管台鐵的身份未來是國營台鐵公司還是交通部台鐵局；債務歸屬是交通部或是台鐵公司，這些都還是交通部的鍋，國債依然是國債，而債務也是全民埋單。