國高中九宮格停課新制被批不切實際，教育部後續發函學校，針對有需求學生從寬認定防疫假、學校能視疫情申請停課等，另，多個縣市不甩中央規定，陸續祭出不同規範，教育部作法遭質疑甩鍋地方與基層學校。對此，教育部長潘文忠今（12）日在立法院受訪表示，教育部提供停課規範「原則」，但也考量殊異，各校、地方政府可因應疫情、區域、個別學生差異等，參考規範，予以斟酌後，採行適宜的防疫措施。
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教育部在5月8日起調整校園防疫措施，國、高中取消全班性停課，僅匡列確診者附近九宮格學生，實施3天防疫假，引發青年團體在
CROSSROAD跨世代倡議平台上發起千人連署反對，認為九宮格範圍內學生未必風險最高，防疫措施並不實際。
教育部後續回應，若學生與確診者有密切接觸，家長有相關疑慮，可基於防疫目的向學校請假，學校應從寬認定，天數不限，不納入學生個人出缺勤紀錄，亦不會因此扣減其學業成績評量；若學校因疫情，在課務運作上發生困難，可考量行政、課務與防疫的運作量能，申請全班或全校停課，並通報主管機關備查。
潘文忠說，國高中九宮格停課新制是配合指揮中心防疫措施，以「確診者」為核心，並考量國高中疫苗施打覆蓋率達八成以上，規劃停課規範，國高中以確診者為核心，常態會接觸到的就是周邊的同學，也較可能是脫下口罩達15分鐘以上的對象，經指揮中心與專家小組討論後，以九宮格停課為原則做出規範。
他提到，但5月8日所通過的停課規範，皆為彈性原則，考量學生脫下口罩接觸的同學可能超過原座位以外，也讓學校或地方政府因應疫情，斟酌區域性、特殊性、學生個別需求等，採行彈性措施。他提醒，希望在逐步走向正常的過程中，繼續強化校園防疫，包括戴口罩、勤洗手、環境清消、保持適度距離等，在防疫上持續努力。
另外，全中教接獲一名適用舊制「10+7」的確診教師陳情，該師反映，已居隔10日期滿，可自主解隔，但他為確保校園安全，自主快篩後仍呈陽性，回報學校後，學校認為居隔期滿自動解隔不需快篩，要求該名教師仍回校上課，盼教育部確立大原則。
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潘文忠回應，從防疫角度來看，快篩陽要多加留意，建議師生以居家為原則，避免疫情不必要擴散。