因應本土語納入課綱，高中部定必修將增列2學分的本土語，以閩南語文為例，「高級中等學校教育階段，本土語文/台灣手語部定必修2學分，以第一學年開設為原則，亦可於其他年級實施」，也就是說，課綱並未硬性規定一定要於高一施行，而是各校可因應其校內狀況，決定實施年段。 但全教總今（10）日指出，國教署在6日的本土語審查委員審查群組中下指導棋，發布命令希望各校在第一學年實施。
1月6日國教署在課程計畫本土語審查委員的一百多人群組中，卻逕下行政指導，指出「教育部仍希望引導學校規劃於高一，故規劃於高二、高三者，不管有無說明，請統一回覆『請學校宜依教育部的111年1月5日臺教授國部字第1100173469函，規劃本土語文/台灣手語於第一學年實施為原則』，並按修正後檢視回覆內容統一製作罐頭訊息⋯⋯」等，不僅牴觸領綱規定，並造成無論學校說明與否，都將被審查委員退回的狀況。
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全教總指出，本土語言於110年3月匆匆入綱，並要求於111年實施。不僅師資尚未到位，且嚴重打亂各校原先的課程架構，是不爭的事實。國教署不體察匆匆上路對學校課程架構整體的影響，更無視大會通過之領綱文字，實屬不妥。
全教總認為，國教署應改弦更張，落實課綱精神，尊重課審大會通過之文字，彈性允許學校在考量未來加深加廣可能性的前提下，得依各校情況，納入本土語必修課程於各年級課程。莫讓政治凌駕專業，置高中教學現場於混亂中。