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「郊」是一種商會結合同鄉會的組織，當時以三邑人為主的「頂郊」和以同安人為主的「下郊」起了衝突，頂郊將下郊趕至現在的大稻埕，發生衝突時，頂郊人為了越過沼澤，脅迫當時祖師廟的領導人讓其燒毀祖師廟，並承諾事後會出資重建祖師廟。艋舺清水巖祖師廟就因為這個聽起來有點荒謬的理由被燒毀，而頂郊人事後也未遵守承諾重建祖師廟，還是由廟方到處籌錢重建。
艋舺清水巖祖師廟。（圖／連宜方攝）日治時期，祖師廟也曾被當成總督府國語學校的附屬學校，也是臺北州立第二高級中學（成功高中的前身）、臺北州立第三高等女子學校（中山女中的前身）都在此草創。艋舺清水巖祖師廟伴著艋舺一帶居民走過百餘年，雖歷經豐富卻滄桑的過往，如今卻也享有寧靜祥和，每天都有許多信眾到次上香、敬拜，清水祖師的聖威日日都被信眾膜拜著。