如果要說到線上遊戲遊戲時期《魔力寶貝》最有趣的玩法是什麼，那「寵物系統」想必會是公認的最佳答案。在《魔力寶貝》中，寵物擁有相當重要的地位，一隻強力的寵物不只是看得順眼，同時也是你戰鬥的好夥伴。而在《魔力寶貝M》，當然也完全繼承了這個線上版的重要系統。
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在《魔力寶貝M》中，想要某隻特定的寵物可不是直接把錢扔起商城就能扭出來那麼簡單，玩家還需要先準備「封印卡」和「圖鑑卡」兩種道具。
「封印卡」可以透過任務等手段取得，並且被分為數個階級，根據階級的不同，封印的成功率會有或多或少的影響。要注意的是根據寵物的階級，如果你使用「銀卡」或「金卡」來封印「普卡」等級的寵物是必中的，但一般來說強度越高的怪物會越難封印。
另一個必要道具則是名為「圖鑑卡」，圖鑑卡相當於捕捉寵物的門票，如果你沒有對應寵物的封印卡，那不管你武功再高也不能取得該寵物的封印權。而唯一的獲得方式，就是前往該寵物的出沒地，反覆重刷並期待它掉落。且由於前往地區基本上被等級限制，所以玩家也不可能一步登天，迅速取得最強的寵物。
而當你準備好這兩個道具，接著就是前往寵物的出生地，準備抓一隻好寵物啦！
每個區域可以封印的寵物都不同，但特別要注意的是，我們要封印的目標，僅限於「一級」的寵物，這可以從怪物頭上的數字來得知。但因為一級寵物的出現率同樣並不高，所以玩家必須要有點耐性，重複數場戰鬥直到一級寵物出現。
而當出現一級寵物的時候，就可以停下你的自動戰鬥功能，開啟封印選項試圖封印它了。基本上只要你的條件齊全，要完成封印的機率並不難，但通常還是需要幾次的反覆嘗試，要小心可別讓隊友和寵物NPC一不小心直接把你的封印對象給打死了。
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而在你成功封印之後，就可以在寵物選單中讓它為你而戰囉！但當然，所有的事情都有例外，如果你能夠透過某些管道獲得這種名為「封印卵」的道具，你就能夠直接獲得對應的寵物，而不需要經過封印和找怪這些麻煩的過程，但相對的你也沒辦法用這種手段開啟收集冊中封印獎勵。所以想要高級的寵物，還是乖乖的去刷封印卡和圖鑑卡，靠自己的雙手獲得比較實在。