新冠肺炎疫情持續延燒至今近2年，一度重創航空、旅遊業者，再加上今（2021）年5月台灣本土疫情大爆發，執行三級警戒，旅宿業者更是苦不堪言，雖然中央提供補助，鼓勵業者加入「防疫旅館」行列，但近期防疫旅宿頻頻出包，使得指揮中心下令全面啟動防疫旅館查核，但旅宿業者無奈指出，中央對防疫旅館的要求，就如同「不給子彈就要士兵上戰場」。
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防疫旅館為我國防疫最前線，但近期爆發的旅館內群體染疫事件、送錯確診者等意外，讓中央特別對業者進行全面查核，中華民國觀光旅館商業同業公會秘書長卓倩慧接受《NOWnews今日新聞》採訪無奈指出，民間旅宿業者轉型為防疫旅館的確是因為缺乏國際觀光客源，「但中央朝夕令改的政策也讓旅宿業者風險持續增加。」
「防疫旅館歸地方政府管理，但是有些地方在檢驗上比較嚴格、有些較容易配合，我相信每個防疫旅館都很落實防疫旅館該做的準則，但由於檢疫政策不斷更改，在人力、房間數的控制上就很困難。」卓倩慧坦言，防疫旅館員工現在並不好找，明年開始還要依規定接種第三劑疫苗，在人力拮据的狀況下，又要因應政策上的改變，已經讓旅宿業者精疲力竭。
另外，由於防疫旅館量能吃緊，日前傳出有業著趁返國旺季哄抬價格，讓交通部設下漲價天花板，雖然觀光局提供的防疫旅宿補助增為每人每日1500元，不過卓倩慧表示，國際原物料上漲已讓缺乏遊客的旅宿業者雪上加霜，且每天都需要使用的防護衣、員工篩檢等防疫必需品也因為國際貨運塞車無法到貨，與其提高補助，不如直接提供檢疫量能與防護用品，「防疫旅館也是防疫把關的第一線，就像要士兵打仗，當然也要提供子彈！」
台北市旅館商業同業公會理事長韋建華也批評，政府不該在需要防疫旅館量能的時候全拿好處，如今防疫旅館出事了就要民間自己負責。
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而針對防疫旅館量能短缺問題，韋建華指出，要成為防疫旅館有許多潛規則，並非業者不願意，至於是什麼樣的「潛規則」？韋建華僅透露，「很多飯店的業者都是建商，他們不會去做一些『乞討』的事情。」
春節檢疫3大方案已展開，除14天防疫旅館檢疫，有條件開放10+4、7+7居家檢疫，而交通部日前也表示，各地方防疫旅館數量已超過3萬房，春節期間於最尖峰2周返台人數達3.8萬人，防疫旅館及集中檢疫所可供應4.5萬房，明年1月春節前尖峰期間訂房仍有部分縣市有空房，將持續掌握訂房情形及盤點調配防疫旅宿供需狀況。