因為新冠肺炎疫情緣故，台北上海雙城論壇今年也採取視訊會議模式舉辦。而今（1）日下午雙方代表與相關官員進行短暫兩個小時的會議後隨即告終，比起往年的會議規模也大為縮減。不過現場也發現台北市副市長黃珊珊並未與會，外界也聯想是否是因為黃珊珊日前在臉書上PO文牽涉到統獨議題有關？對此柯文哲僅淡然回應，表示場地與人數都有限制，「對方出席一個副市長我就出席一個副市長，三個副市長也不過才來一個而已，不越覺得太奇怪。」
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黃珊珊上個月23日針對雙城論壇相關議題，在臉書上PO文表示「台灣是一個獨立自主的國家，而雙城論壇的定位本來就是兩座城市之間市政業務層級的交流往來，不會也不可能涉任何與主權相關的議題。」而此番說法也引發外界議論。而黃珊珊在去年有參與論壇，今年則未出席，背後原因也引發外界聯想是否與該篇貼文有關。
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對此柯文哲接受媒體訪問時則予以否認，並表示今年因為場地與人數限制，所以雙方講好要對等。「對方出席一個副市長，我們就也出席一個副市長；他們出一個秘書長，我們也出一個秘書長。」柯文哲說，外界也不用覺得太奇怪，畢竟整個市府有三個副市長，今天只來一個而已。
現場記者也追問，日前柯文哲在議會進行市政總質詢時，曾經答應議員要在雙城論壇時，向陸方反應不要頻頻派遣軍機擾台，不過今天卻未向陸方示意？對此柯文哲表示自己發言只有三分鐘，「客套話講完就已經時間到了。」不過柯文哲也直言外交國防兩岸相關事務是總統職權，應該是要向國安會、陸委會，甚至國防部去陳情才對。