隨著疫苗持續到貨，供給暫時不成問題，不過近期國際上發現，接種第二劑BNT疫苗的青少年罹患心肌炎風險劇增，指揮中心日前也宣佈暫緩施打，而國立成功大學附設醫院感染科主治醫師蔡進相引用國際研究說明，接種疫苗之後，即便有零星的突破性感染，病毒量也比自然染疫來得低，「雖然mRNA疫苗極少機率可能會造成心肌炎，但和染疫後住院相比，仍有極大好處。」
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指揮中心指揮官陳時中10日宣佈，預防接種諮詢委員會（ACIP）專家討論後，決定先行暫緩青少年接種第2劑BNT。mRNA疫苗的心肌炎不良反應在全球大規模浮出檯面，首先是以色列500多萬民眾接種BNT疫苗，有275位民眾在接種後發生心肌炎。美國CDC的疫苗不良事件通報系統顯示，心肌炎可能與mRNA疫苗有連結，且較常發生在16至24歲民眾。
今年6月，以色列政府一度推遲12至15歲民眾接種輝瑞BNT疫苗的計畫。而根據近幾個月的數據，莫德納疫苗也有類似的問題，因此北歐有些國家在上個月暫停為20歲以下民眾施打莫德納疫苗，美國FDA也推遲了12至17歲民施打莫德納疫苗的緊急授權。
醫學期刊《循環》（Circulation）則在7月20日發表一篇屬於短篇綜論（Primer），整合有關mRNA新冠疫苗與心肌炎的既有文獻，以及已發表數據。
蔡進相指出，針對這樣的研究，「民眾最應該了解的重點，就是接種疫苗與否，是一種利弊分析的結果」，在疫情肆虐，或邊境管制取消但病毒不會消失的情況下，醫護人員、高風險族群接種疫苗的好處絕對大於壞處。
但40歲以下或兒童，是否需要冒著十萬分之一甚至更高的心肌炎風險接種mRNA疫苗？蔡進相說明，40歲以下健康年輕人兒童若染病，可能只是輕症甚至無症狀，但自然染疫的病毒量通常較高，而年輕人行動較活躍，無法避免到校群聚，導致傳播鏈無法阻斷，甚至還會波及免疫差的慢性病患者或是老人。可能還要考慮兒童與青少年自然染疫後出現的長期後遺症（long COVID），即使康復3個月後仍有嗅味覺異常、失眠、思緒混亂、記憶力下降的問題。
蔡進相認為，接種疫苗之後，即便有零星的突破性感染，病毒量也比自然染疫來得低，大幅降低重症機率，更可減少長期後遺症的風險。對許多國家的決策圈而言，年輕人接種mRNA疫苗需要承擔的風險就是十萬分之一左右的的心肌炎，比自然染疫的風險來得低。
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蔡進相指出，此篇文章位第一線醫師彙整出哪些條件容易發生心肌炎，例如第二劑接種後風險較高，30歲以下男性較常發生，雖然mRNA疫苗極少機率可能會造成心肌炎，但和染疫後住院相比，仍有極大好處。
不過，蔡進相也表示，篇文章礙於篇幅，無法論述mRNA疫苗保護力能否持久，也無法論述如嬌生、AZ等腺病毒疫苗，在血栓風險較歐美白人低的亞洲年輕人族群，可否作為另一種選項。