台大校長管中閔昨呼籲，互訪、合作都是學術自由的一部份，不應受政治力涉入。行政院長蘇貞昌今（16）日受訪表示，政府非常尊重學術自由，中國共產黨任何組織要在台灣大學裡面設立分支機構都不被容許，國人也不會接受，民主國家也是法治國家，都要依法行事。
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清華海峽研究院在清華大學設辦公室，被認定違反兩岸條例，教育部長潘文忠要求盤點大專校院兩岸交流情形。
管中閔則認為，學術交流、互訪能讓國家更進步，希望政治力量不要隨意涉入，不能因政府今天不喜歡了，就說此類學術交流是錯誤的，這心態很可疑。