民進黨發言人謝佩芬今（11）日晚間表示，民進黨前秘書長李應元從戒嚴時期即投身台灣民主運動，長期擔任民進黨重要幹部，並出任政府重要公職，戮力從公，為民服務，在每一個困難、關鍵的時刻都有李應元同志的參與與奉獻。今日驚聞因病逝世，民進黨全黨上下同感悲痛，國家痛失英才，令人不捨與遺憾，並盼家屬能節哀，民進黨也將全力協助相關事宜。
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謝佩芬表示，李應元就讀台灣大學公共衛生研究所期間，受到美麗島事件發生影響，投入台灣民主運動。1980年赴美求學，1981年取得美國哈佛大學醫療管理學士，1988 年取得北卡羅萊納大學醫療經濟學博士，並任教於美國南達科塔大學。隔年1989年雖取得台灣大學的聘書，然而因為在美國就學期間，出任全美台灣同鄉會總幹事，被國民黨政府列入「黑名單」，無法返國。
1990年李應元接任台灣獨立建國聯盟副主席，主張以非暴力抗爭方式，表達海外台灣人追求民主自由的訴求，同年以「闖關」「翻牆」等方式返回台灣，1991年9月從容被捕，後來刑法一百條修正，主張台獨者不再以叛亂罪起訴，於1992年5月出獄。
李應元於1995年當選台北縣第三屆立法委員，並於1998年連任。2000年民進黨首次執政，奉派出任首任駐美副代表。2002年返國擔任行政院秘書長。
李應元於2004年擔任民進黨副秘書長任內，負責總統大選競選總部動員群的工作，負責規劃並執行「二二八百萬人手牽手護台灣」活動。全台灣超過200萬民眾參與，北起基隆市和平島，南至屏東縣佳冬鄉昌隆村，以牽手方式相連五百公里 ，並高呼口號「愛和平、反飛彈」。這個由北到南，以手牽手的方式串連全台灣人民的高難度行動，也因為有李應元的居中奔波、溝通、協調而成功，用台灣人民集體的聲音，向國際展現不畏中國飛彈威脅，賦予了228新的意涵，更寫下了台灣民主運動歷史性的一頁。
2016年總統蔡英文首次當選，承擔重任，擔任環保署長，2020年蔡英文連任，並於疫情期間為國出任駐泰國代表，表現相當積極認真，期間分享台灣醫療和公共衛生成功經驗，協助台商推動經濟，受到當地政府敬重與台商、台僑喜愛。 2021年8月因病離任返國。
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李應元無論在任何職務上都盡心盡力，從來不計個人榮辱，長於溝通、樂於分享，從政期間擁有「處事圓融、善於協調」的特質，從行政院秘書長到民進黨秘書長，無論是行政、立法、媒體等各界溝通都親力親為，認真解決各類問題，可以說是最稱職的協調者。
李應元人生前半段投入民主運動，為台灣主體意識奮鬥打拼；從政後恪遵職守、戮力從公，無論在哪個位置都全力以赴。為人謙遜有禮，對晚輩不吝傳承經驗，今日雖然因病與世長辭，但後人仍將永遠記得他為台灣奮鬥的努力。