國立清華大學於（8）日遭爆，「清華海峽研究院新竹辦公室」疑似遭中共組織滲透，經濟民主連合今（10）日與立委范雲、台灣學生聯合會共同召開記者會表示，「兩岸清華一家親」已衝擊台美戰略互信，應梳理來龍去脈後提出應變措施，對此清大也回應，校方從未推動、參與該院工作。
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台灣公民陣線組織部主任許冠澤於記者會上指出，「校方稱『未曾知悉或參與其中的業務運作』，明顯公然說謊」，台灣清大前校長、現任台灣聯合大學系統校長陳力俊在《水清木華－清華的故事》書中寫到，「清華海峽研究院‧‧‧我個人非常認同這樣的構想‧‧‧2013年8月（時任清大校長），率領新竹清華的多位一級主管‧‧‧專程到廈門做進一步的商談，並在校友會的安排下，造訪相關單位以及勘查可能建址‧‧‧可惜後來由於政治因素‧‧‧而由『北京清華』與『新竹清華校友會』對接。」
許冠澤抨擊，顯見台清大校方自始參與「清華海峽研究學院」的籌設洽談，後受限於法規、政治因素，才改以「北京清華」與「新竹清華校友會」對接模式，當年主事者均健在，且率團洽商的陳力俊至今仍為台灣清大所屬台灣聯合大學系統總校長，清大校方明顯說謊。
不過，清華大學今日也回應，從未以校方立場參與或推動清華海峽研究院工作，更不可能知悉國安單位近日所稱的中共滲透情事。學校一貫清楚的原則是，支持校友發展的活動，但不參與運作。
針對經民連及台學聯今日記者會指控，清大表示，海峽研究院是由校友發起組成並轉租校內空間，89年前的兩岸交流頻繁而開放，各大學校友的跨海活動與發展很常見，現今兩岸劍拔弩張，這些交流幾乎都已喊停，兩岸大學交流難以進行，如過去兩岸之間有許多交換學生，現在幾近趨零，本校也已經令海峽研究院離開學校的空間。
清大表示，校內教授與主管經常應邀參加本校遍佈社會各界的校友所舉辦的開募剪綵、球賽、論壇、餐會等各種活動，表達鼓勵支持校友之意，是各大學尋常的事，並不代表學校知悉辦理活動的團體或公司的營運情形或參與其中運作。
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另外，清華大學指出，經民連及台學聯在臉書指稱「2019年10月31北京清華副校長王希勤參訪新竹清大，就是由新竹清大現任校長賀陳弘及前校長陳力俊接待，並一同參訪清華海峽研究院」並非事實，當日賀陳弘於台北參加科技部慶祝60週年國際高峰論壇及歐盟代表處等公務，並不在校內。前校長陳力俊也從未參訪海峽研究院的新竹辦公室，「經民連及台學聯所稱已屬抺紅鬥爭，請其立即停止誣陷的行為，公開道歉。」
清大前校長陳力俊也回應，幾年前的時空環境，兩岸正常交流活動頻繁，自己作為校長，支持校友發展及兩岸學術交流，但未以校方的立場參與清華海峽研究院的運作，這兩者間有極大差別。他於2014年卸下清華校長一職，之後應校友之邀於海峽研究院的活動致詞則在2019年，已經是他卸任5年之後。