國立清華大學今（8）日遭爆，校內的「清華海峽研究院」在台設置「清華海峽研究院新竹辦公室」，疑似遭中共組織滲透，雖然提供出租的自強基金會表示，該辦公室已長時間為曾運作，不過既然有疑慮，將中止其租約，而教育部也罕見採取強硬立場，要求清華大學立即停止辦公室使用並即刻撤離。
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「清華海峽研究院新竹辦公室」是由清大校友會、北京清華大學與廈門市政府共設的「清華海峽研究院」所設立，但該辦公室設立未經許可，且遭媒體爆料從事技術研發、攬才、投資等行為，有中共勢力藉由校園入侵我國的疑慮。
對此，教育部表示，在10月26日已接獲陸委會來函，認為「清華海峽研究院新竹辦公室」設置違反兩岸人民關係條例第40條「大陸地區之非營利法人、團體或其他機構，非經各該主管機關許可，不得在台灣地區設立辦事處或分支機構，從事業務活動」規定，因此在4日去函清大校友總會與清大，請其調查該辦公室的相關運作。
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教育部已宣布，此案將依據兩岸條例第93條之3規定，以違反該條例40條之2進行裁罰，並督導清大場地設備管理使用相關規定，針對違背法令情事，要求其立即停止使用並即刻撤離。
而自強基金會董事長盧崑瑞表示，由於疫情的關係，據他所知，清華海峽研究院已有相當長一段時間未曾運作，但有鑒於租用單位適法疑慮，基金會將自即日起中止與該單位的租約。