由鴻海暨永齡基金會、台積電、慈濟基金會專案採購各500萬劑BNT疫苗，目前已到貨184萬劑。指揮中心在8月31日公開宣布，規劃優先給12至17歲學生造冊接種，如今指揮中心通知原定9月底、10月初配發給地方政府的第3批疫苗延遲，導致全台校園短缺30萬劑，其中台北市有19校、1.3萬名學生無疫苗可打。
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國民黨立法委員林奕華今（29）日表示，她這兩天陸續接到家長陳情，指出原先排定自9月22至29日由高中職及五專接種、9月30日至10月6日為國中生接種的BNT疫苗竟然缺貨，明明排好施打日期卻被取消，讓家長感覺憤怒和莫名其妙！家長們質疑，早就造冊送到中央，難道中央沒有計算好疫苗數量嗎？排程在後面的學校就出狀況是怎麼回事？為何政府自己宣布的時程又可以跳票？
林奕華批評，指揮中心顯然沒有注意目前只有BNT疫苗，可以施打於12至17歲青少年族群的獨特性。指揮中心在疫苗施打規劃時，並沒有預留足夠的數量給12至17歲的學生施打，才會導致這次全台30萬名、其中台北市有1.3萬名學生無疫苗可打的窘況。事實上，過去疫苗短缺時，指揮中心也曾透過留控機制，保留一定數量的莫德納給孕婦和前3類人員優先施打，並非無前例可循。
林奕華表示，不論是莫德納孤兒或是此次學生專案無疫苗可打，都凸顯出指揮中心對疫苗的施打規劃亂無章法，毫無邏輯可言，一出事就把所有責任推給疫苗到貨不穩定。但指揮中心早在8月底就宣布要優先由12至17歲的學生族群以造冊方式接種BNT疫苗，就應該記取先前莫德納孤兒的經驗，預先規劃疫苗的留控機制，以確保所有學生都有足夠的疫苗可施打。
林奕華提醒指揮中心，12至17歲的學生並無法挑疫苗，而是只有BNT能打，到底為何會發生學校疫苗的供應延遲？如期施打一定做不到嗎？指揮中心不需要對外說明清楚嗎？
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今天指揮中心已通知台北市政府BNT疫苗將延遲，總計有2所高中職、14所國中、3所外僑學校，共19校、13777名學生的接種期程會延至10月9日後。
林奕華認為，若要學生等到10月9日後才施打，又可能遇上段考，加重學生和家長的焦慮感。她籲請中央儘速補救，讓學生們如期接種，不要每次疫苗短缺就用到貨不穩定為由掩飾政府失職，或兩手一攤只會把問題甩鍋給地方和學校。