本次東京奧運台灣隊19日自松山機場搭乘華航包機，直抵東京羽田機場，卻傳出隨行官員乘坐商務艙，為國出征的運動員卻乘坐經濟艙，引起國內輿論譁然。儘管總統蔡英文、行政院長蘇貞昌、教育部長潘文忠等人皆已道歉，卻仍無法平息諸多不滿聲浪，多位民進黨立委連番砲轟體育署，民進黨立委吳思瑤就說，這都是安排與規劃的問題，「搞對方向，有這麼難嗎？」。
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此次奧運代表隊出征，卻乘坐經濟艙事件引起論戰，對照蔡英文2016年曾說未來參加國際重要賽事選手、教練都以坐商務艙為原則；另民進黨立委吳思瑤、張廖萬堅、蘇巧慧、黃國書等人也在2016年於立院提案要求我國里約奧運代表團都應坐商務艙以利備戰，也獲時任體育署長何卓飛首肯，一再凸顯此次相關單位未經周全思考與溝通，即做出機位安排。
吳思瑤就透過臉書表示，因為「保護選手」，所以官員坐商務艙，選手坐經濟艙？因為「選手人數眾多」，成了打臉教育部長的理由？把2016里約奧運開始早已定案的「禮遇選手都坐商務艙」的政策方向，草率推翻？「我質詢、要求過很多次，體育署說穿了也等於是棄守對國會的承諾」。
黃國書則說，在防疫考量下，必須安排選手座位前後左右都無人，只好把座位數最多的經濟艙打造成防疫座位，做這樣的安排或許迫於現實，但教育部為何不事先說明溝通，搞到選手期待落空，社會輿論指責政府跳票，上屆里約奧運的前車之鑑，為何體育署至今還一再重蹈覆轍？ 選手搭經濟艙，官員卻搭商務艙，社會恐難諒解。
民進黨立委周春米也說，選手為國爭光，尤其在疫情期間搭機往返，本就承受更高的風險，體育署卻沒有詳盡規劃，讓選手減少飛航疲勞，真的是太不應該了，「官員也有報名奧運嗎？請確實善待每位國手」。
民進黨立委許智傑說，之前他在質詢就要求教育部要給選手坐商務艙，也獲得教育部的承諾，這次對選手的照顧跟先前的承諾不同，教育部和體育署也為思慮不周道歉，一來蔡英文是最常到左訓關心選手的總統，希望體育署亡羊補牢，在選手回國時一定要做好安排，二來羽球國手戴資穎的父親也表示，希望大家把焦點放在比賽場上，此事到此為止，避免過多紛擾影響選手比賽。
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民進黨立委何志偉也說，體育署請用心一點，很多種方式可以展現國家的用心，可以請華航將班機改成全商務艙；或者，派多架次專機分別前後出發，沒有什麼不可以。
蘇巧慧表示，沒有和選手事先溝通就是不對，不夠貼心也不夠細心，責無旁貸。衷心期待選手能不受影響，無後顧之憂的完成比賽，至於該負起責任的人，也請上緊發條，負起該負的責任。