台北市因為北農及環南市場等地區確診數上升，引發社會各界議論。而外界也質疑北市至今沒有將疫調資料公佈於衛福部網站，甚至傳出「北市沒有做疫調」的說法。對此台北市長柯文哲今（28）日在記者會上嚴正否認，強調北市都有進行疫調，且到「精準疫調」的程度。而之所以會不公開足跡，是因為確診人數過多，公開足跡只會造成民眾恐慌，「與其要求民眾不要靠近足跡點，不如請民眾當作隨時可能遇到染疫者來保護自己。」
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柯文哲在記者會上表示，從北農群聚感染的狀況中，他發現全國疫調系統有個很糟糕的缺陷，就是以確診者的戶籍地為疫調單位。柯文哲指出，在北農工作而確診的人，戶籍在台北的人不到三分之一，這就是疫調系統的缺陷，因此才說要以身分證字號為參數，分成工作地、居住地、其他常去地方，每個地方都有其縣市政府，點到就會知道。
而針對疫調系統，柯文哲也表示，現階段已經與新北市成立區域聯防，未來會相互交換疫調資料，希望能藉此做補強。為了確保雙北義調資料交換，所以責成北市聯醫副總院長璩大成作為疫調召集人，確保雙北疫調資料交換沒問題，但相信還是會有零星漏網之魚。
至於各縣市都有將確診者的疫調足跡資料公布於衛福部的網站上，僅只有台北市並未公布。柯文哲也解釋，表示當時疫情在爆發的時候，總共1000多人確診，以科學的角度來說，公布足跡並沒有意義，只會增加民眾的恐慌，應該是要讓民眾抱持著「周圍可能會有感染者」的心態進行防疫。不過柯文哲也表示，若之後北市確診數目持續下降，「未來一兩天後會開始公布相關足跡資料。」
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