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李柏毅指出，請勞動局造冊施打的舉動讓部分人員心生恐懼，這麼做也違反柯市長先前的「非法移工特赦承諾」，強調柯市長已經宣示不會透過疫情抓非法移工，北市府就不應該讓他們陷入恐懼，更擔心「這些放棄接種疫苗逃走的人員，因為深怕被勞動局抓到，在短期內恐怕不敢再去施打疫苗，可能成為疫情的黑數漏洞，這絕不是市民樂見的結果」。
台北市長上個月因應萬華疫情傳開而推出非法移工特赦令鼓勵移工採檢，強調不會利用疫情抓捕移工；移民署也推出「萬華或周邊地區外籍人士安心採檢防疫專案」，以「不收費、不通報、不查處」為原則，鼓勵移工出面篩檢，但專案並未提及疫苗施打部分。
對此，市府強調並未要求勞動局派人前往造冊，台北市立聯合醫院也指出，院方未通報勞動局到場針對外籍移工造冊，表示當天是部分移工雇主未到場協助確認身分，院方請這些移工先在場等候，但部分移工卻自行離去。畜產公司則表示，事前溝通不當才造成部分移工未帶證件無法接種疫苗之情形，並未針對移工造冊，強調會另外安排時間讓移工施打疫苗。
儘管醫院、北市和畜產公司都已經對此出面否認，但仍引發民眾討論。台灣國際勞工暨雇主和諧促進協會就不滿指出，承接公家單位事物的畜產公司竟然會有非法移工，且目前台灣公民尚無疫苗可打，非法移工卻能率先打疫苗，質疑柯文哲的移工特赦令不該被無限上綱。
不過，有關心移工權益之民眾認為，「造冊有其必要性，但能夠理解失聯移工聽到要留資料就選擇加速離開，畢竟還是會擔心會不會因此被遣返」；另也有民眾指出，自己身邊就有移工擔心染疫主動到快篩站快篩，事後沒染疫卻被通報交給警方帶走，擔心政府政策施行並不連貫將損害雙方信任。事實上，在柯文哲上個月頒布移工特赦令時，就有移工權益倡議人士認為，過去長年對移工尤其是非法移工的不友善政策已經導致移工對政府的不信任，現在即使因疫情驟然頒布特赦恐怕效果也有限。
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