好心肝診所遭到揭露為不具施打疫苗資格的民眾施打新冠肺炎疫苗，而且數量超過一千劑，引發社會各界議論。事發後該診所也遭到起底，是「好心肝基金會」旗下的醫療體系，而該基金會的董事長許金川則是柯文哲的老師，也引發外界猜測是否是因為跟柯文哲關係良好，所以才能透過衛生局拿到數量如此龐大的疫苗？對此台北市長柯文哲則澄清，雖然跟許金川認識，但彼此並沒有什麼深交，反稱「基金會辦活動的時候，藍綠兩黨去站台的比我還多。」
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對於這次發生違規施打疫苗的好心肝診所，柯文哲也表示不應當因人廢言。柯文哲強調，好心肝基金會過去推動肝炎防治，對於台灣有很大的幫助。「要知道B型肝炎是台灣的國病，以前肝癌是男性癌症第一大死因。」柯文哲說，不能因為這次疫苗事件，就否定過去基金會三十年來的成就，對於肝病防止推動上，「好心肝」還是做了很多事情。
不過柯文哲也坦言，「好心肝」能夠獲得那麼多數量的疫苗，他也能理解外界謠言滿天飛。不過話鋒一轉，柯文哲直言，如果是制度上的漏洞都會進行後續的修改，不過外傳自己跟許金川的關係良好，「我跟許金川認識，但也沒有什麼深交。」柯強調雖然好心肝基金會的活動，他有去站台過，但「放心好了，藍綠兩黨去站台的比我還多。」
柯文哲強調，事件發生前自己並不知情，直到遭到揭露的隔天上午，他才透過媒體得知。「到底怎麼一回事我們要查，有問題有破洞就公開，該補的該修的我們就修補，要政風檢調介入也沒問題，反正有多少證據做多少事。」不過柯文哲最後也抱怨，目前還在防疫階段，希望政論節目不需要再帶風向。
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