日本拍板將排放福島核廢水入海，引發周邊國家關注、抗議，但近來駐日代表謝長廷指「台灣也排放核一、核二廢水入海」，引發國內民眾質疑他對台灣的立場是否忠誠。而謝的言論「胳臂向外彎」並非第一次，2016年5月，他就因為台日之間對於冲之島是島還是礁，涉及經濟海域大小的爭議，不贊成台灣派軍艦護漁，當時他甚至還沒正式接任駐日代表。
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國民黨團今（26）日記者會細數謝長廷歷來挺日不挺台的爭議，早在他內定接任駐日代表前就已開始，從最早的2016年5月，台灣、日本爭執冲之島是島還是礁，由於是島與礁認定後，牽涉到經濟海域及漁權問題。由於過去台灣漁民曾在附近遭到驅趕，曾有軍艦護漁權的構想，當時謝長廷還沒正式接任駐日代表，但他反對軍艦護漁，而這個問題一直被擱置至今，直到去年都還發生過漁民遭到驅趕的情況。
第二次發生爭議，則是2016年11月，當時日本福島核災食品叩關，台灣民眾恐慌，甚至連綠營多位地方縣市長都站出來表態，反對福島核災食品進口。社會期待謝長廷身為中華民國駐日代表，應站在我國立場向日方強硬表態，反映台灣民情給日本，但謝卻貼出照片，稱「福島縣產蔬菜被買光，日本人敢吃，他們比台灣更重視健康」，也引發台灣社會不滿。
到了2018年，在台南市慰安婦人權平等促進協會等推動，全台首座慰安婦銅像於國民黨台南市黨部設立，卻遭謝長廷貼文，批評此舉傷害台日情誼，此番言論也遭到社會輿論強烈反彈。
而從去年520後，蔡英文連任開始，謝長廷因爭議言論登上媒體版面的次數大增，光去年7月至今就已經5次。包含去年7月，日本石垣市擅自更改釣魚台姓名，以彰顯日本對於釣魚台的主權，由於釣島主權在台、日、中之間爭議已久，當時國民黨立委陳玉珍更嗆，不排除率領國會議員登島考察，彰顯台灣在釣島主權。
在國內不分藍綠，紛紛強硬表達釣島主權在中華民國之際，謝卻起出過往資料，指出從1971年6月開始，美國政府把釣魚台列嶼和琉球交與日本管領，從那時起日本便有了事實管領權，他還反問「當時（1971年）中華民國政府做了什麼抗議？」此番言論無異於扯台灣後腿，身為他上司的外交部也不理會他，強調我國維護主權的決心沒有變過。
在2020年9月，蘇澳籍漁船在釣魚台西方12海浬作業時，遭到日本保安廳公務船衝撞，引發台灣民情激憤，但台灣、日本的說法有出入，日方認為是台灣漁船侵入釣島12海浬，公務船才會上前驅趕，謝長廷則引據日方的說法，雖然試圖釐清真相，但此舉也澆了台灣人一頭冷水。
到了2020年12月，謝長廷臉書貼文稱「台灣開放福島核災食品比中國慢，讓日本很多挺台政治家沒面子」，也引來在野黨、輿論砲轟，認為謝把他在日本政治圈的面子，看得比台灣人的健康還重要。他也返台會見總統蔡英文、外交部長吳釗燮、衛福部長陳時中等人，讓社會各界猜測，質疑謝就是為了核食開放返台。
今年2月，中國無預警禁止台灣鳳梨銷往大陸，蔡政府四處尋找既有市場，想擴大銷售，防止鳳梨價格崩跌，也找上日本幫忙，未料謝長廷稱「找日本幫忙，多少也是賣面子」，遭到農委會主委陳吉仲反駁，陳指出台灣鳳梨在日本的銷量越來越好，主因是品質而非人情，讓蘇內閣內部互打再添一樁。
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最近的一個例子，則是近期福島核廢水，在太平洋沿岸國家都關切、譴責日本的決定時，謝長廷卻指出台灣也曾排放含氚廢水入海，此舉只會讓台灣譴責日本的力道大降，原能會、台電也澄清，台灣的氚廢水都是正常使用，跟世界各國的核電廠標準一致，和日本用來替核爐芯降溫、屬於高汙染的氚廢水不同。
謝長廷屢次在台、日有外交糾紛的時刻，多次找到對台灣立場不利的資料。有國民黨立委批評，指出謝長廷根本不想要駐日代表的位子，才會不斷搗亂。