台鐵太魯閣於2日發生出軌意外，釀成近半世紀以來最嚴重鐵路事故，法務部今（8）日公布在事故發生後辦理六大災後應變作為，包括責成台灣高等檢察署檢察長邢泰釗統一指揮調度、緊急成立應變處理小組現場指揮中心、擇定花蓮市立殯儀館為相驗指揮所、犯保關懷家屬，撫平遺屬傷痛以及進行相驗與查明刑責。
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法務部所屬各機關針對4月2日408車次太魯閣列車於花蓮出軌進行相關辦理，分別做出六大項災後應變措施。法務部指出，部長蔡清祥於事故發生後，立即責由台灣高等檢察署檢察長邢泰釗依據「政府一體，全力投入；關懷家屬，倾力相助」原則處理本件事故，並由邢泰釗統一指揮調度，協調相關檢察機關、法醫研究所、犯罪被害人保護協會全力動員，並由花蓮地方檢察署開啟緊急應變機制，掌握現場訊息及注意後續情形，同時進行適當處理。
此外，法務部亦於行政院「0402臺鐵408次太魯閣號事故陸上重大交通事故中央災害應變中心」成立後，立即由檢察司長率同主任檢察官進駐迄今，居間聯繫花蓮地檢署與中央災害應變中心，使該中心隨時掌握現場最新情況。
第二，花蓮地檢署檢察長俞秀端於案件發生後，立即指示主任檢察官周芳怡、曾開源及相關人員成立緊急應變處理小組處理本件重大事故相關事宜，由主任檢察官曾開源率同檢察官於第一時間至案發現場成立「現場指揮中心」，於不影響救災的前提下，迅速保全證據及蒐集犯罪事證，追查事故原因。
由於事故造成嚴重傷亡，為便利家屬指認相驗，法務部擇定花蓮市立殯儀館作為「相驗指揮所」，由檢察長俞秀端擔任總指揮官，並由高等檢察署花蓮檢察分署檢察長費玲玲督導，台高檢署另指派台北地檢署、宜蘭地檢署、台東地檢署所屬法醫、事務官協同花蓮地檢署24小時進駐花蓮殯儀館處理遺體採證、比對，並同時建立遺體編號、拍照、標示特徵、採集指紋及DNA建檔之標準流程及指派人員管控避免不相關人員進出或拍照，另於台北地檢署以及台東地檢署成立指認中心，方便家屬就近進行相關指認事宜。
同時協調財團法人犯罪被害人保護協會花蓮、宜蘭、台東分會人員搭配花蓮縣政府社會處社工、心理諮商師公會等社會團體志工，以及花蓮縣警察局派員組成支援團隊，陪同家屬完成相驗及指認程序，並整合民間及宗教資源，提供遺體修復、心理諮商等服務，撫平遺屬傷痛。
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有關罹難者遺體相驗情形，法務部表示，截至7日上午8點止，確認死亡人數計50人，亡者屍體均相驗完畢，其中6名尚未核發相驗屍體證明書，包括3名外籍人士、無名屍1名、大體不全1名、第六節車廂移出遺體1名，比對DNA確認中；其餘44人已核發相驗屍體證明書。
在究責部分，法務部堅守查明刑責責任，稱相關行車紀錄等資料刻由專家鑑識中，搜索3處，並經被告同意扣得文件1批，並以被告有串證逃亡之虞向法院聲請羈押禁見。4月3日法院裁定交保，檢方即時抗告，花蓮高分院撤銷後，花蓮地院4月4日上午以有事實足認被告有滅證或串證之虞，裁定羈押禁見。