針對有媒體報導，指國民黨25日與反萊豬、環保團體等公民團體開會，決議在公投作戰上聯盟；珍愛藻礁公投小組25日晚間發布新聞稿嚴正聲明強調「保護藻礁，不分藍綠」，澄清報導所言與國民黨的會議，公投小組事前並不知情，也未與任何政黨結盟或聯盟。
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對於蘋果日報以「【決戰公投】國民黨全面串聯反萊豬與護藻礁團體向蔡政府下戰帖『出來辯論』」為題，內容寫道「…國民黨今（25日）已經跟反萊豬、環保團體等公民團體開會，決議在公投作戰上聯盟…未來組成『反萊豬、護藻礁』（名稱暫定）的公民平台，國民黨作為其中一員，全力推動公投案過關。」珍愛藻礁公投小組嚴正聲明，指該報導「顯有誤導」，公投小組並未參與報導中所言與國民黨的會議，事前也不知情，「珍愛藻礁公投小組目前並未與任何政黨結盟或聯盟。」
藻礁公投領銜人潘忠政表示，公投議案為全國人民討論公共政策及民主深化的絕佳良機，公共論域的品質亟待朝野政黨、社會各界及傳播媒體予以維護，「我們歡迎根基於事實的討論，我們厭惡任何非根基於事實的影射、抹紅，我們也譴責任何試圖操弄藍綠情緒而從中獲取私益的有心人士。」
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潘忠政指出，該報導並未向珍愛藻礁公投小組成員作過任何查證就逕予刊登，未盡查證義務，已造成社會各界的誤解，公投小組感到痛心、遺憾。
「保護藻礁，不分藍綠」潘忠政說，珍愛藻礁公投小組歡迎所有用心保護藻礁、支持藻礁公投的人民，也歡迎所有真正有意願保護藻礁、有紀律、重合作並付諸行動的團體；他強調，珍愛藻礁公投小組重視棲地保育、環境保護、非核減煤、愛鄉愛土，更重視基於客觀事實的理性討論與台灣民主，「我們呼籲社會大眾：請珍惜公民投票制度，請唾棄那些試圖悖離事實操弄藍綠情緒的網路側翼或朝野政客。」