台大校務會議今（20）日決議廢止癌醫中心醫院組織規程，台大癌醫將正式改隸為台大醫院分院，原先台大癌醫在編制上歸台大醫學院所管，不過由於長期的鉅額虧損，校務基金可借用額度即將用鑿，台大校長管中閔表示，將癌醫納入台大醫院「大家應該可以更加放心。」
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台大校務會議於去年10月通過，將癌醫中心改為台大醫院分院，人力和資源可互相支援，改善經營效率，當時管中閔便指出，癌醫中心每個月虧損約4000萬元到5000萬元，向校務基金借用的額度將在今年夏天用罄，未來恐影響校務發展，成為分院後則改為向台大醫院作業基金借款。
今日校務會議正式廢止癌醫中心醫院組織規程，並通過醫學院附設醫院癌醫中心分院組織規程，癌醫中心院長楊志新表示，教育部日前已同意改制，並要求在6月1日前完成所有程序。
而台大癌醫在去年一度傳出財務危機，多名教師代表在上次校務會議中希望公開永齡捐贈癌醫中心的合約細節，今天校務會議上，管中閔指出，永齡基金會明確表達不願公開。不過此說法引發多名會議代表不滿，指校方刻意保護捐贈人。
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管中閔則說，學校並無保護誰，在諮詢校方法務處後，如果台大片面公開恐怕有訴訟風險，建議教師可循政府公開法提出訴訟，由法院來判斷能不能公開。台大財務長廖珮真說明，依國立大學校院管理及監督辦法，學校定期將捐贈者姓名、內容物、時間及用途刊登於官網，但捐贈者不願學校公布名稱或姓名者，得僅就其他部分公告，該條規定也並未要求公開「捐贈契約書」。
永齡基金會前後捐贈200億元資金及儀器供台大建置癌醫中心，包含癌醫、質子設備、輻質中心、生醫工程館，並提供癌醫開院設備與營運資金，另寶佳集團去年捐贈10億元醫療儀器設備給癌醫，不過由於長期虧損，每月6千萬營允成本入不敷出，因此催生此案，盼轉虧為盈。