針對藻礁公投議題，現階段各界爭吵不休。反對興建天然氣接收站、注重環境保育的公投派，與注重能源政策與產業發展的開發派持續矛盾。前總統馬英九更提出若缺乏能源，應當重啟核四，又引發另一波議論。對此台北市長柯文哲今（15）日上午接受媒體訪問時，表示藻礁議題發起公投連署，但最重要的不是投票而是討論，要讓民眾了解來龍去脈，才能做出最好的決定。
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柯文哲表示，無論是核四還是藻礁都是大問題，雖然藻礁已經逐漸走向公投的方向，但公投最重要的是討論而不是投票，「如果民眾不知道來龍去脈，那投票就沒有意義了。」柯文哲強調從核四到藻礁，因為這牽涉到台灣的能源政策，更重要能源政策，也不是只有能源政策、還有產業政策。
「就像護國神山『台積電』，現在已經用掉台灣總電量6%多，全部完工更達到10%。」柯文哲說，能源與產業政策現階段都得全部考量，要用核能、天然氣、煤礦或是再生能源，都要全盤完整規劃。柯文哲也坦言，台灣的政治氛圍常常把議題複雜化「看了就很煩。」