衛福部立桃園醫院爆發群聚感染，綠營不滿苗栗、雲林、金門、連江、澎湖等5縣市下達禁桃令，要求公務員不得到桃園出差，恰好這5縣市都是國民黨執政，綠營指控國民黨搞政治對立，國民黨則反質疑「是國防部先開始的」，國防部則發聲明，強調「防疫作為依照中央流行疫情指揮中心的防疫指導，保持高度警戒，同時基於戰力的維持，採取超前部署作為，提醒官兵應減少前往高風險的場域，保護自己才能保護國家。」
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在桃園發生群聚感染後，國防部軍醫局於19日下令，要求駐紮在桃園的部隊14天內禁止跨營區的洽公、訓練，包含體側、體檢、新兵懇親、會議都避免，盡可能以電話、視訊的方式聯絡，若因專案執行跨營區交流，任務結束後裝備要落實消毒，參與人員自主健康管理21天，此外國防部也要官兵「非必要情況禁止進入桃園。」
在國防部下令後，苗栗、雲林及外島等5個和桃園並無接壤的縣市紛紛禁桃，面對綠營指控「國民黨藉防疫搞政治對立」，國民黨主席江啟臣上午質疑「那請國防部說明為什麼要官兵非必要別去桃園。」
對此，國防部強調，基於部隊的群體生活特性，為了避免群聚造成防疫破口，國軍對於可能肇生的影響，已事先完成周延的規劃，尤其戰備任務絕對不能有空窗與罅隙。
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國防部表示桃園是國軍在北部地區的防衛重鎮，也有為數眾多的營區與兵力，在這波疫情中，第一個動員協助桃園防疫的，就是陸軍化學兵，國防部與國人共同對抗疫情的威脅，並堅定支持桃園的防疫工作，而國防部也將持續配合中央疫情指揮中心與桃園市府全力防疫。
國防部指出同時基於戰力的維持，由國軍疫情指揮中心下達防疫的建議，採取超前部署作為，提醒官兵應減少前往高風險的場域，同時要注意自己的足跡，保護自己才能保護國家。