2020年跨年晚會，因為英國變種病毒入侵台灣，導致新冠肺炎疫情疑似有升溫的情況，各縣市政府都相繼宣布停辦改採直播方式進行。不過只有台北市政府在經過綜合考量後，決定維持舉辦跨年晚會，這樣的決定也引發各界議論。而歷經防疫14天的危險期後，台北市並未傳出任何疫情，市長柯文哲也透過
臉書PO文，以及
youtube影片解釋不停辦的原因，「讓用理性務實、科學數據決定政策」。
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柯文哲表示，去年的12月31日，上午十點鐘，當我在記者會上宣布，臺北跨年將繼續舉辦。現場，記者的相機快門閃個不停，電視台跑馬、網路媒體推播，名嘴忙著評論，幾乎一面倒都是批評與罵聲。早一天的12月30日，當各縣市都因為返國旅客被驗到英國變種病毒，紛紛改為線上，四面八方要求臺北市政府跟進。
柯文哲強調，自己不在資訊不明的狀況下草率下決定，「這是我的執政邏輯。因此當晚，我向媒體朋友說，請再給我們12小時。」柯文哲說，「我同時請副市長、臺北市疫情指揮中心，相關局處首長去蒐集資料，等隔天晨會充分討論後再決定」。
柯文哲透露，31日當天的晨會氣氛緊張，三位副市長、衛生局、觀傳局長、幕僚們輪番發言，大家評估了疫情現況、市府配套、科學數據、分析各種利弊。「當衛生局黃局長與聯醫副總院長璩大成接連表示，國內疫情沒有社區感染的證據。」柯文哲說，「而且實聯制、分區分流、管控人數都可做到，我拍板定案！」
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柯文哲直言，要相信眾人的智慧超越個人的智慧，理性、務實、科學的態度，堅守SOP，「當臺北跨年晚會繼續舉辦，它的意義在於證明了臺北市政府是一個尊重專業的團隊，在關鍵的時刻帶領人民面對問題，而不是放任恐懼與非理性，將人民鎖在門內」。