因應新冠肺炎疫情在台灣重新升溫，政府規劃了電子圍籬系統，控管居家隔離與自主健康管理的民眾。不過卻遭到在野黨詬病，政府以「天網」侵犯民眾隱私，也引發社會各界議論。對此柯文哲強調，疫情期間「有時候是不得不」，但政府還是必須得建立可信的形象，「若政府不可信，這種技術怎麼做使用，大家都會懷疑」。
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柯文哲在個人youtube頻道的「
今晚我想來點真心話」節目中，被問到中央政府透過「天網」監控民眾侵犯隱私的說法，柯文哲表示，「應該明白講就是說，汽車會不會撞死人？答案是會，但我們就不使用汽車嗎？」柯文哲強調，重點是政府要可信，並不是說使用這些電子產品，他如果被不當地使用，當然會侵犯人權，「所以為什麼台北市政府一開始就成立『資料治理委員會』，其中有一組是說大數據怎麼使用，還有另外一組是個資保護」。
柯文哲表示，天網這件事情是這樣，就防疫上的需要，「有時候是不得不」。「像我們台北市現階段大概有8000多人居家檢疫，如果不用這種資通訊技術，你要一次管這個8000多人，是不是都在家裡，很困難啦！」柯文哲說，「但是如果政府拿來監視民眾，做那種邪惡的用途，所以為什麼我每次說要建立一個叫『可信的政府』，政府如果不可信，這種技術怎麼用大家都懷疑。E化是應該的，但應該要有一個個資保護委員會，來審查政府使用這些資料是不是合理」。