鑒於台商、台生往返兩岸都需分別隔離14天，新黨倡議政府在農曆過年期間，透過兩岸協商建立「防疫泡泡」，以金門為據點，恢復停班的小三通航線，藉由「承認對岸疫苗施打」和篩措施檢免去隔離，不過中央流行疫情指揮中心初步否定這項建議。
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新黨主席吳成典2日指出，目前疫情已經稍緩，兩岸航空班機已經復飛，沒理由再停駛兩岸船班。二月適逢農曆新年，會有眾多台商、台生、台胞返鄉過年，機票勢必一位難求，呼籲政府體恤，讓兩岸小三通部分復航，避免人民有家歸不得。
中央流行疫情指揮中心發言人莊人祥表示，目前全球防疫仍相當緊張，遼寧、北京也傳出疫情，他認為目前兩岸還不是很適合「防疫泡泡」；且攸關「兩岸小三通」的決定權，已經超過疫情指揮中心的範疇，須由權責機關決定。