民進黨政府憑藉著在立法院內的人數優勢，24日強勢通過有關美豬美牛進口的行政命令。而各地方政府在行政命令通過之前，議會就已經通過萊劑0檢出的相關自治法規，不過至今中央政府對於這些地方自治法規「已讀不回」。對此台北市長柯文哲今天（27日）上午也對此作出回應，表示「現在（中央）既不說YES，也不說NO、不處理。」如今中央與地方不同調的情況「太混亂了！」
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身兼台灣民眾黨主席的柯文哲，今天上午參與民眾黨嘉義總服務處開幕茶會。接受媒體訪問時，針對地方縣市與中央不同調，柯文哲指出此事涉及「法律戰」，台北市議會通過零檢出要求，地方自治法送到中央核准，他直言：「現在中央YES，也不說NO，都不處理」他認為這是中央必須要面對的問題。
柯文哲強調，地方行政部門通過的法令，依法必須執行，台北市有四大通路皆設有不含萊劑的豬肉專區，供民眾自行選擇。「我對美豬、美牛的態度始終如一，要求『源頭管理，明白標示』。我不反對進口，但希望人民有自由選擇的權利。」柯文哲說，「現在的萊豬進口政策，中央與地方不同調的情況，實在太混亂了！24日中央才通過行政命令，地方短時間內如何因應是很大的問題」。