繼桃竹苗地區之後，農委會主委陳吉仲今（25）日宣布，由於水情嚴峻，估計曾文-烏山頭水庫蓄水量無法滿足嘉南地區明年第1期作，因此嘉南地區共1.9萬公頃將實施停灌，至於補償辦法分為2種，一為種植符合「對地綠色環境給付計畫」的作物者，每公頃補償9.3萬元；如不種稻作，辦理翻耕或種植非獎勵作物或由農田水利署管理處供水養殖者，每公頃可補償8.2萬元。
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陳吉仲表示，今年10月底前無颱風侵台，是自1964年以來首次發生，且6至10月上旬各水庫集水區降雨量為歷史平均值2至6成，水情相當嚴峻，且目前依時序南部地區已進入枯水期，未來降雨情勢不甚樂觀。
陳吉仲指出，目前曾文-烏山頭水庫蓄水量為1.7億多公噸，但得要2.3億公噸才能供農民灌溉，經評估蓄水量無法滿足嘉南地區明年第1期作，為使農民損失減到最小，才會宣布嘉南地區曾文-烏山頭水庫灌區1萬9千公頃農田實施停灌。
農委會表示，此次停灌補償對象，為公告停灌範圍內的實際耕作者與受影響的相關產業業者；補償態樣分為兩種，一是停灌區域不種稻作且種植符合「對地綠色環境給付計畫」的綠肥、景觀或各項獎勵作物者，每公頃補償9.3萬元；如不種稻作，辦理翻耕或種植非獎勵作物或由農田水利署管理處供水養殖者，每公頃可補償8.2萬元，農民可自行選擇辦理。
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農委會說明，停灌區內農民可於受理期間為12月1日起至12月20日，假日無休，攜帶並填寫身份證或戶口名簿、印章或簽名、農會或金融機構存摺影本、切結書等相關文件至各管理處工作站申辦；各管理處也會排定時段指派專人到各水利小組受理申請，以減少農民舟車勞頓。
農委會進一步說明，針對此次受停灌影響的相關產業，包括育苗業者、代耕業者及稻穀烘乾業者，該會已提供相關輔導配套措施，另如有其他受停灌影響的相關產業，如糧食倉儲、碾米、運輸等業者，依其實際損害程度，給予適當補償；另外，如果農民因停灌導致償還農業專案貸款有困難者，本金償還期限可展延6個月，展延期間利息由政府補貼。