針對遠大巨蛋，柯文哲上任時曾批評為五大弊案之首。不過執政至今卻在今年7月下旬重新核發大巨蛋案建照，並於8月初同意復工，更預告台北市與新北市以兩城市聯名共同申辦國際運動賽事「2025年世界壯年運動會」的開幕場地選定大巨蛋。媒體「聯合報」也發表社論批評柯文哲對於大巨蛋的處理態度，居然從弊案變政績，沒想到文章一出，竟釣出柯文哲本人透過臉書帳號回應。
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該篇社論提到，過去柯文哲在剛上任時，因遠雄未按圖施工，勒令停工大巨蛋，並多次與遠雄創辦人趙藤雄隔空交火，更直呼大巨蛋為北市五大弊案之首。而近年來歷經都審、環差審查、防火避難評定等階段後，北市府今年7月下旬重新核發大巨蛋案建照，並於8月初同意復工，也讓外界質疑是否態度180度大轉彎？
沒想到該篇社論，讓柯文哲透過臉書帳號「WJ Ko」於下方接連留言兩則，強調「我沒有把大巨蛋當作是一個政績，我只是善後而已。」、「大巨蛋是不按圖施工被停工的，也就是說在當時他是一個超級大違建。那麼就有一個問題，這麼大的建築從一開始完全不按圖施工，這是怎麼一回事？」
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而柯文哲今天（26日）下午受訪時，先是反問記者「你覺得是（我留的言）嗎？」、「就是我講話的口氣嘛，對不對？」接著則表示，媒體是作為社會的第四權，他可以講很多話，「但是我們要是覺得你說的不對，我們也有權利上去講」。
而針對大巨蛋案，柯文哲面對媒體時也再度重申，不會把大巨蛋當政績。「對我來講是善後，既然事情發生了，就一定要處理，要拆就拆，不拆就是要把它弄好，如果要弄好，至少要安全可以講得過去，合法合理，然後把它弄完。」柯文哲說，「所以老實講，不管是五大弊案，那個老實講過程都很怪，只是說我們這幾年來，一樣要把它整理好，就是這樣啊」。