由於進入流感疫情高峰期，10月初起開始施打公費流感疫苗。不過因為今年適逢新冠肺炎疫情期間，導致施打的人數飆升，疫苗一度缺貨，讓衛福部方面不得不宣布50歲至65歲的民眾暫停施打，先讓65歲以上長者施打後再重新開放。而針對疫苗短缺一事，台北市長柯文哲受訪時也直言，50歲到65歲的民眾太早出來打，現在暫緩應該能有效解決問題。
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柯文哲表示，以過往每年施打流感疫苗的經驗，通常是讓65歲以上的長者與學校的學生先行施打，然後才輪到身體較健康的民眾再施打。「結果今年同時開始施打，這些50歲到65歲比較健康、有活力的就趕快出來打，反而是年紀比較大、動作比較慢。」柯文哲說，「不過既然衛福部已經緊急做措施，規定50歲到65歲現在暫時不打，實施分段打以後，大概問題就少一點」。
而有消息指出，今年的疫苗施打措施引發民怨，甚至讓各地的民進黨籍縣市議員，輪番在通訊軟體群組中砲轟中央。柯文哲也直言「這就是沒有預先想到」。「我們今天早上討論台北市怎麼緊急善後，現在就是學校有準備18萬支留用，然後讓65歲以上老人先打。」柯文哲說，「所以還是按照順序，由高危險群先打，打剩下再打那些比較年輕力壯的族群。按照目前狀況，自費要1000元到1400元，不見得有貨，現在要訂也來不及了」。