因應全球新冠肺炎疫情嚴重，又適逢秋冬流感季節，今年國內公費流感疫苗施打狀況相當踴躍，台大、國泰醫院，都一度出現疫苗短缺暫停施打的狀況，不過也在疾管署的協調下，緊急配貨、接續施打，但像是輔仁大學附設醫院，就在昨天晚間發布公告，表示公費疫苗都已經全數施打完畢，將從今（9）天起暫停接種服務。
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疾管署發言人莊人祥表示，12號還會再調一批疫苗，共60萬劑發送到各大醫療院所，因為放假期間會施打流感疫苗的醫院，本來就比較少，各大醫療院所陸續補貨，亞東醫院也在昨（8）天下午，取得第二批公費流感疫苗，數量共1000支，從昨夜診開始恢復施打，台北馬偕也補上貨源，在國慶連假後，恢復正常施打。
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根據疾管署的最新公布，109年公費流感疫苗接種數量，前四天已經累計來到：162.2萬劑，從第一天(10/5)的42萬、到第二天(10/6)的45.2萬，後面兩天則是出現下降，第三天(10/7)共施打39.1萬、第四天(10/8)則是降到35.9萬劑。
和去年108年同期公費流感疫苗接種數量相比，前四天足足增加了55.2萬劑，（去年同期前四天共：107萬劑，同期第一天：20.2萬、第二天：32.1萬、第三天：28.7萬、第四天：26萬）。