澎湖縣長賴峰偉9日在臉書釋出「為藍洞開放做好準備」的消息之後，引起澎湖縣政府與海洋國家公園管理處「雙頭馬車」的長期問題，賴峰偉表示將責成農漁局研議開放管理的相關辦法，海管處說明已和縣府達成初步共識，未來將統一由海管處成立單一窗口，負責玄武岩自然保留區申辦登島的業務。
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▲藍洞是鬼斧神工的海洋地質景觀，賴峰偉請農漁局與海管處合作，在安全與環境方面做好配套有秩序的開放。（圖／記者張塵攝，2020.09.09）賴峰偉在臉書專文提到，西吉嶼自40餘年前遷村後，成為南方海域的無人島，是澎湖群島神秘的區塊，黑水溝的航標，黑石的故鄉，西吉宮殘跡猶存，聚落型態可見砌石工事深具特色，西吉旅外鄉親每年返鄉踏查，其鄉土情懷我感同身受﹔藍洞是鬼斧神工的海洋地質景觀，請農漁局與海管處合作，在安全與環境方面做好配套，有秩序的開放，讓藍洞的海洋意象與價值，成為澎湖優質生態旅遊的示範，營造望安、七美南海遊程的品牌。
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▲澎湖南海玄武岩自然保留區為東吉嶼、西吉嶼、頭巾、鐵砧，2008年由澎湖縣政府依照文化資產保存法公告劃設。（圖／記者張塵攝，2020.09.09）澎湖南海玄武岩自然保留區為東吉嶼、西吉嶼、頭巾、鐵砧，2008年由澎湖縣政府依照文化資產保存法公告劃設，為首度由縣府自行申請提報之自然保留區，當年是為了反對台電核廢料進駐東吉嶼的權宜之計﹔台灣攝影師陳婉茹透過日本報導之後，在網路爆紅的西吉嶼藍洞也在此列，如未經申請許可進入最重處5年以下有期徒刑，得併科100萬元以下罰金。
海洋國家公園管理處表示，澎湖縣政府於民國97年依「文化資產保存法」納入「澎湖南海玄武岩自然保留區」，依該法縣政府為主管機關，而進入自然保留區應經主管機關許可，與國家公園管理可以適當銜接，並不需要廢止「澎湖南海玄武岩自然保留區」，日前海管處已和縣府農漁局達成初步共識，未來將由海管處為單一窗口，統一負責玄武岩自然保留區申辦登島的相關業務。