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國民黨立委鄭正鈐指出，蔡政府這次開放含瘦肉精美豬只是不平等條約的開始，接下來就是校園禁用的基改食品、健保藥品核價等多項議題，以蔡英文輕率開放美豬牛的做法，更令人擔心蔡政府會對美國會做出更多的讓步。民進黨標榜台美關係是有史以來最佳，在聯合抗中戰線上，台灣也全力以赴，但川普政府對於實質經貿利益卻絲毫不肯讓步。
鄭正鈐指出表示，美國貿易代表署（USTR）每年都會發布各國貿易障礙評估，「校園營養午餐禁用基改食品」屢遭美指責，認為《學校衛生法》禁令沒有科學基礎，要求取消。另外美對我健保藥品核價及給付政策，也一直批評不夠透明及可預測性，如美國商會就要求台灣建立合理新功能醫材核價機制。
鄭正鈐批評，蔡政府在未獲美方具體承諾及台灣內部共識前，就在關鍵談判議題上棄守，這種未談判先繳械的做法，完全沒有籌碼，只會換來更多的予取予求，至於FTA(自由貿易協議)那更是猶如天邊的彩虹。
2015年12月14日，立法院院會三讀修正通過《學校衛生法》部分條文，明訂學校供應膳食者，禁止使用含基因改造生鮮食材及其初級加工品。民進黨籍立法委員林淑芬在提案說明指出，基因改造作物大量施灑除草劑的農作方式、貯存場所及運送過程都以飼料等級處理，若以基改飼料黃豆加工製作成營養午餐，對學童身心影響甚鉅，因此提案修法，捍衛校園食品安全。
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時任立委盧秀燕則表示，當基改食品成為營養午餐的主食，正值發育期的學童卻無可選擇的暴露在基改食品風險中，「是隱形的食安危機」，因此要求基改食品全面退出學校營養午餐及各式供應餐飲中。
針對《學校衛生法》禁止學校使用基改食品，美方認為這項禁令不具科學基礎，對美國農產品輸台造成限制。
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