我國外交部7月初宣布將與東非索馬利蘭互設辦事處，索國媒體「索馬利蘭標準報」（Somaliland Standard）12日報導，台灣曾提議在索馬利蘭建立軍事基地並駐紮軍隊。對此，外交部今(14)日駁斥，從沒這樣的構想。
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外交部發言人歐江安嚴正澄清指出，該報導未向我方查證，其所述與事實不符，我國政府從未有在索馬利蘭建立軍事基地的構想，在雙方政府的對話中也從未觸及此一議題。
美、日、法、中在東非駐軍
相較於其他東非之角國家，吉布地治安相對良好、扼守亞丁灣，戰略地位重要。美國、日本、法國與中國大陸都在東非吉布地駐軍。小布希政府時期，五角大廈曾計劃於非洲設立司令部，以指揮美軍在非洲的軍事行動。不過，非洲國家都不願美國藉此干預內政，並害怕得罪北京等因素，拒絕美軍在非洲設立司令部，美國只好將司令部設於德國司圖加特。
但是基於軍事需求，2003年美國仍在吉布地設立萊蒙尼爾軍營(Camp Lemonnier)，該營區是美軍在非洲最大的軍事基地，主要支援東非與葉門反恐作戰。萊蒙尼爾軍營對提供飛機、船隻與部隊的安全與後勤有著極大的貢獻。目前萊蒙尼爾軍營有4000名人員駐紮於此，包括美軍、聯軍部隊與民間的文職人員，該基地也是美軍目前在非洲的唯一永久性軍事基地。
2001年10月，日本國會通過了有效期2年的《反恐特別措施法》，支援英美等國對阿富汗塔利班政權採取軍事行動，自衛隊補給艦也在印度洋上為美國軍艦補給燃油與水，之後日本國會多次延長法案有效期限。海上自衛隊也從2009年開始在亞丁灣展開打擊海盜的護航活動。日本租借吉布地國際機場附近的土地作為自衛隊對抗索馬利亞海盜用途。日本海上自衛隊在吉布地派有P-3C海上巡邏機，為亞丁灣的日本船艦提供安全警戒服務。
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法國是吉布地原宗主國，也是吉布地最大援助國和貿易夥伴。法國與吉布地關係密切，兩國簽有防衛協定，兩國經常舉行年度例行聯合軍演。
2014年2月，吉布地政府和中國大陸簽署軍事協議，允許解放軍海軍使用吉布地港，但是此舉激怒美國，吉國政府遭受美國龐大壓力。直到2017年7月，中國大陸才正式在吉布地駐軍。